Brachypodium distachyon

Brachypodium distachyon Opis tego obrazu, również skomentowany poniżej Pokrój roślin. Klasyfikacja APG III (2009)
Królować Plantae
Klad Okrytozalążkowe
Klad Jednoliścienne
Klad Commelinidae
Zamówienie Poales
Rodzina Poaceae
Uprzejmy Brachypodium
Podrodzina Pooideae
Plemię Brachypodieae
Uprzejmy Brachypodium

Gatunki

Brachypodium distachyon
( L. ) P. Beauv. , 1812

Klasyfikacja filogenetyczna

Klasyfikacja filogenetyczna

Brachypodium Brachypodium Jest to gatunek z roślin jednoliściennych z rodziny z Poaceae , podrodziny z Pooideae , ze Starego Świata ( Morza Śródziemnego , Azji Zachodniej ).

Jego genom stosunkowo mały (~ 272 mln pz 5 chromosomów ) dla trawy , mały rozmiar i krótki cykl , jego bliskość taksonomiczna z głównymi zbożami ( pszenica , jęczmień , owies , żyto z tej samej podrodziny Pooideae i kukurydza , sorgo , trzcina cukrowa , proso , fonio (podrodzina Panicoideae ), a także ryż (podrodzina Oryzoideae ) determinowały jego wybór jako organizmu modelowego w genomice traw.

Etymologia

Ogólna nazwa „  Brachypodium  ” powstaje od greckich korzeni βραχύς ( brachys ), krótki, a πόδιον ( podion ), małe stopy, z odniesieniem do bardzo krótkim szypułkę z spikelets (subsessiles). Epithet specyficzny „  distachyon  ” jest utworzone z greckich korzeni δίς ( DIS ) deux i στάχυς ( Stachyna ) ostrza, z odniesieniem do regularnie rozdwojony rozgałęzień kwiatostanu.

Dystrybucja i siedlisko

Oryginału zakres od Brachypodium distachyon rozciąga się do Starego Świata:

Gatunek został wprowadzony na kilka kontynentów i naturalizowany w szczególności w Chinach i Azji Wschodniej, Indiach , Australii , Ameryce Północnej ( Stany Zjednoczone i Meksyk ) oraz Ameryce Południowej .

Jest to roślina przystosowana do gruntów suchych i kamienistych.

Roślina modelowa

Chociaż Brachypodium distachyon ma niewielkie znaczenie rolnicze , jest to gatunek, który ma kilka zalet jako organizm modelowy do zrozumienia genetyki oraz biologii molekularnej i komórkowej traw umiarkowanych. Stosunkowo mały rozmiar jego genomu sprawia, że ​​jest on przydatny do sekwencjonowania i mapowania genetycznego. Ponadto tylko około 21% genomu Brachypodium distachyon składa się z powtarzających się elementów, w porównaniu z 26% w ryżu i około 80% w pszenicy, co dodatkowo upraszcza mapowanie genetyczne i sekwencjonowanie. Z około 272 milionami par zasad i pięcioma chromosomami jest to mały genom dla gatunku trawy. Niewielki rozmiar Brachypodium distachyon (od 15 do 20 cm wysokości) i jego szybki cykl życiowy (od ośmiu do dwunastu tygodni) są również korzystne dla celów badawczych. Kwitnienie w przypadku wczesnych akcesji może nastąpić już po trzech tygodniach od wykiełkowania (przy odpowiednim indukcyjnym fotoperiodzie ). Niewielki rozmiar niektórych akcesoriów sprawia, że ​​są one wygodne w uprawie na małej przestrzeni. Jej charakter chwastów wyjaśnia, dlaczego roślina ta rośnie łatwo bez narzucania specjalnych warunków uprawy.

Gatunek ten staje się potężnym modelem mobilizującym rosnącą społeczność naukową. Międzynarodowy Brachypodium Initiative (IBI) odbyło się pierwsze spotkanie, a także warsztaty genomika, na konferencji PAG XIV w San Diego , w Kalifornii , w styczniu 2006. Celem IBI jest promowanie rozwoju Brachypodium distachyon jako model organizm oraz rozwój zasobów genomicznych , genetycznych i bioinformatycznych , takich jak genotypy referencyjne, biblioteki CBA , markery genetyczne , mapowanie populacji i baza danych sekwencji genomowych . Niedawno opracowano wydajne systemy transformacji Agrobacterium dla szeregu genotypów Brachypodium , pozwalające na tworzenie kolekcji przenoszącego DNA mutantów. Charakterystyka i dystrybucja linii insercyjnych T-DNA zainicjowana w celu ułatwienia zrozumienia funkcji genów traw

Obecnie Brachypodium distachyon ugruntowało swoją pozycję jako ważne narzędzie w dziedzinie genomiki porównawczej . Roślina ta staje się wzorem w fitopatologii , ułatwiając transfer wiedzy na temat odporności na choroby z organizmu modelowego do uprawianych gatunków roślin. Brachypodium distachyon staje się również użytecznym modelem do badań biologii ewolucyjnej rozwoju , w szczególności do porównywania molekularnych mechanizmów genetycznych z mechanizmami modelowych organizmów dwuliściennych, zwłaszcza Arabidopsis thaliana .

Taksonomia

Synonimy

Według Catalog of Life (30 listopada 2017)  :


Lista podgatunków i odmian

Według Tropicos (30 listopada 2017) (ostrzeżenie, surowa lista może zawierać synonimy):

Uwagi i odniesienia

  1. (w) L. Watson i MJ Dallwitz "  Brachypodium P. Beauv.  » , On The grass genera of the world (dostęp 9 września 2016 ) .
  2. .
  3. (in) "  Takson: Brachypodium distachyon (L.) P. Beauv.  „ On Germplasm Resource Information Network (GRIN) (dostęp: 30 listopada 2017 ) .
  4. (w) WD Clayton M. Vorontsova, KT & Harman H. Williamson, „  Brachypodium distachyon  ” on GrassBase - The Online World Grass Flora (dostęp: 30 listopada 2017 ) .
  5. (w) "  1. Brachypodium distachyon (Linnaeus) P. Beauvois, Ess. Agrostogr. 155. 1812  ” , na Flora of China (dostęp 30 listopada 2017 ) .
  6. (w) The International Brachypodium Initiative, „  Genome sequencing and analysis of the model grass Brachypodium distachyon  ” , Nature , vol.  463 n O  7282,2010, s.  763–8 ( DOI  10.1038 / nature08747 ).
  7. .
  8. (w) John P. Vogel , David F. Garvin , Oymon Mr. Leong i Daniel M. Hayden , "  Agrobacterium -mediated Transformation and Development inbred line in the model grass Brachypodium distachyon  " , Plant Cell, Tissue and Organ Culture , lot .  84 N O  22006, s.  100179–91 ( DOI  10.1007 / s11240-005-9023-9 ).
  9. (w) Philippe Vain , Barbara Worland , Vera Thole , Neil McKenzie , Silvia C. Alves , Magdalena Opanowicz i Lesley J. Fish , „  Agrobacterium -mediated Transformation of the umiarkowanej trawy Brachypodium distachyon (genotyp BD21) dla mutagenezy insercyjnej T-DNA  ” , Plant Biotechnology Journal , vol.  6, n O  5,2008, s.  236–45 ( DOI  10.1111 / j.1467-7652.2007.00308.x ).
  10. (w) Sílvia C. Alves , Barbara Worland , Vera Thole , John W. Snape , Michael W. Bevan i Philippe Vain , „  A protocol for Agrobacterium- mediated Transformation of Brachypodium distachyon community BD21 standard line  ” , Nature Protocols , vol.  4, n O  5,2009, s.  638–49 ( DOI  10.1038 / nprot.2009.30 ).
  11. (w) Vera Thole , Sílvia C. Alves , Barbara Worland , Michael W. Bevan i Philippe Vain , „  A protocol for Efficient retrieving and characterizing Flanking Sequence Tags (TSPs) in Brachypodium distachyon T-DNA insertional mutants  ” , Nature Protocols , tom .  4, n O  5,2009, s.  650–61 ( DOI  10.1038 / nprot.2009.32 ).
  12. (w) Vera Thole , Antoine Peraldi Barbara Worland , Paul Nicholson , John H. Doonan i Philippe Vain , „  T-DNA mutagenesis in Brachypodium distachyon  ” , J Exp Bot , vol.  63 N O  22012, s.  567–76 ( DOI  10.1093 / jxb / err333 ).
  13. (w) Vera Thole , Barbara Worland , Jonathan Wright , Michael W. Bevan i Philippe Vain , „  Dystrybucja i charakterystyka ponad 1000 znaczników T-DNA w genomie standardowej linii BD21 wspólnoty Brachypodium distachyon  ” , Plant Biotechnology Journal , lot .  8, N O  6,2010, s.  734–47 ( DOI  10.1111 / j.1467-7652.2010.00518.x ).
  14. (w) Naxin Huo , John P. Vogel , Gerard R. Lazo , Frank M. You , Yaqin Ma , Stephanie McMahon i Jan Dvorak , „  Structural characterization of Brachypodium genome and its syntenic relations with rice and wheat  ” , Plant Mol Biol , vol.  70, n kość  1-2,2009, s.  47–61 ( DOI  10.1007 / s11103-009-9456-3 ).
  15. (w) Rachel Goddard Antoine Peraldi Chris Ridout i Paula Nicholsona , "  Zwiększona odporność na choroby powodowane przez BRI1 mutacja jest konserwowana między Brachypodium distachyon i jęczmień ( Hordeum vulgare )  " , Mol Roślin Microbe Interact , vol.  27 N O  10,2014, s.  1095–1106 ( DOI  10.1094 / MPMI-03-14-0069-R ).
  16. (w) David Pacheco-Villalobos , Martial Sankar , Karin Ljung i Christian S. Hardtke , „  Disturbed Local Auxin Enhances Cellular Homeostasis and Anisotropy Reveals Alternative Wiring of Auxin-Ethylene Crosstalk in Brachypodium distachyon Seminal Roots  ” , PLoS Genetics , tom.  9 N O  6,2013, e1003564 ( DOI  10.1371 / journal.pgen.1003564 ).
  17. Roskov Y., Ower G., Orrell T., Nicolson D., Bailly N., Kirk PM, Bourgoin T., DeWalt RE, Decock W., van Nieukerken EJ, Penev L. (red.) (2020). Gatunki 2000 i ITIS Catalog of Life , 2020-12-01. Zasoby cyfrowe na www.catalogueoflife.org . Gatunek 2000: Naturalis, Leiden, Holandia. ISSN 2405-8858, dostęp 30 listopada 2017
  18. Tropicos.org. Missouri Botanical Garden., Dostęp 30 listopada 2017

Linki zewnętrzne