Taksonomia
Taksonomia lub taksonomia jest gałęzią nauk przyrodniczych (przemianowany biologii w XX th wieku), który ma na celu przedstawienie różnorodności żywych organizmów i grupy ich w jednostki zwane taksonów do identyfikacji (w tym za pośrednictwem kluczy identyfikacyjnych ), je opisać , nazwa je i sklasyfikuj .
Stanowi podgałąź systematyki, której celem jest przede wszystkim wyliczenie i zdefiniowanie powiązań pokrewieństwa między różnymi organizmami żywymi oraz sklasyfikowanie ich w hierarchiczne kategorie (np. Rodzaje, rodziny, rzędy). Te dwie dyscypliny są ze sobą tak ściśle powiązane, że różnica między taksonomią a systematyką nie zawsze jest oczywista.
Współczesna taksonomia, ewolucyjna, oparta na fundamentalnie filogenetycznym podejściu do klasyfikacji, ale taksonomiczna analiza dowodów empirycznych pozostawała długo nieznana nauce, zanim w drugiej połowie XX wieku pojawiły się odkrycia biologii molekularnej .
Co za tym idzie, termin taksonomia jest obecnie wykorzystywana w innych naukach, takich jak humanistycznych i społecznych , informacyjnych nauk lub komputerowej nauki .
Słowo taksonomia pochodzi od greckiego τάξις ( taxis ) „położenie”, „klasyfikacja”, „porządek” oraz od νομός ( nomos ), co oznacza „prawo”, „reguła”). Termin został stworzony w 1813 r. , Pod zapisem taksonomii , przez szwajcarskiego botanika Augustina Pyrame de Candolle (1778-1841) w jego Elementary Theory of Botany lub wykładzie zasad naturalnej klasyfikacji i sztuki opisywania i badania roślin , aby w swojej „teorii klasyfikacji” wyznaczyć zarówno metodę, jak i to, co nazwał „podstawami botaniki filozoficznej” ( Mémoires et souvenirs , Book III, § 11). W drugim wydaniu opublikowanym w 1819 r. Uznał pisownię słowa taksonomia za nieprawidłową w jego pierwotnej formie, stwierdzając: „Lepiej byłoby powiedzieć Taksonomia; ale pomyślałem, że muszę przyznać się do usunięcia e , aby skrócić słowo. ” . To pokazuje, że de Candolle faktycznie wyprowadził taksonomię terminu nie z mianownika τάξις ( taksówki ), ale z jego dopełniacza τάξεως ( taksôs ).
Termin taksonomia został ratyfikowany w 1836 r. W Dodatku do Słownika Akademii Francuskiej .
Taksonomiczne pisownia polecił w 1864 Émile Littré w swoim Słowniku języka francuskiego (wersja 1872/77), że słowo określonej systematyki lub taxionomy może być również używany, utworzonej na greckiej etymon taksówek (kolejności). The Grand Dictionnaire Terminologique w Quebecu potwierdza, że taksonomia jest zalecana przez kilku autorów, uznających „taksonomię” za „śledzenie angielskiej taksonomii ”, co jest jednak historycznie fałszywe. Rzeczywiście, taksonomia pojawiła się w języku angielskim dopiero w 1819 roku pod wpływem francuskiego, sześć lat po jej wynalezieniu przez De Candolle'a. Jednak francuskie słowniki nadal rozpowszechniają błąd, że pisownia taksonomii (De Candolle, 1813) odpowiada taksonomii angielskiej . Wręcz przeciwnie, większość angielskich słowników słusznie twierdzi, że taksonomia słowa pochodzi z języka francuskiego, a dla TLFI angielska taksonomia pojawiła się dopiero w 1828 roku w amerykańskim słowniku Webstera .
Termin taksonomia nie pochodzi od słowa „takson”, które jest pojęciem, które pojawiło się później (słowo stworzone przez botanika Hermana Johannesa Lama w 1948 r .). Tak więc taksonomia nie jest etymologicznie badaniem taksonów, ale prawami porządku, a więc regułami klasyfikacji . Niektórzy specjaliści robią różnicę w zastosowaniu, szczególnie w botanice , między taksonomią, która, utworzona na greckim etymon nómos (prawo, reguła), dotyczy kwestii klasyfikacji, a taksonomią, która powstała na greckim etymon ónoma (nazwa), odnosi się do kwestii nomenklatury . Inni naukowcy używają terminu taksionomia w swojej pracy, szczególnie w zoologii , na określenie grup istot żywych. Jednak słowo taksonomia jest również i bardzo często używane do nazywania nauki o opisywaniu taksonów. Nawet autorzy opowiadający się za użyciem terminu „taksonomia” nie mówią o „taksynach”, ale o taksonach, z wyjątkiem jednak specjalisty entomologii powołującego się na francuskojęzyczne rozpowszechnianie wiedzy i ubolewającego nad wpływem języka angielskiego. Inne języki używają terminów podobnych do „taksonomii”, a nie „taksonomii”; Tak więc piszemy taksonomię po niemiecku, taksonomię po angielsku, taksonomię po hiszpańsku (kastylijski), taksonomię po portugalsku i katalońsku, tassonomia po włosku, таксономия ( taksonomiya ) po rosyjsku itd.
W 1957 roku we Francji Akademia Nauk przyjęła nazwę „taksonomia” na określenie nauki o klasyfikacji.
Termin został powszechną praktyką w XXI th century, zarówno w oryginalnym scenariuszu, taksonomii, chociaż etymologicznie kwestionowane lub uznane źle, albo pod pisowni korygowane przez Émile Littré , taksonomii z „ja”, nawet jeśli ktoś świadomie odrzucił. Zastąpienie „o” przez „i” jest postrzegane przez niektórych jako puryzm , którzy preferują termin „taksonomia”, zapewniając większościowe użycie, spójność i „zasadę pierwszeństwa”.
Słowo „taksonomia” jest używane w dodatkach do dwujęzycznego Międzynarodowego Kodeksu Nomenklatury Zoologicznej (opublikowanego w języku francuskim i angielskim ) w 1961 r. W pierwszym wydaniu oraz w 1964 r. W drugim wydaniu.
Francuski tekst trzeciego wydania Code international de nomenclature zoologique (1985) wspomina o „taksonomii”. W słowniku „taksonomia” jest zdefiniowana jako „Teoria i praktyka klasyfikowania organizmów; część systematyki, badanie kategorii organizmów i ich różnorodności ”.
Francuski tekst czwartego wydania Międzynarodowego Kodeksu Nomenklatury Zoologicznej (1999) wspomina o dwóch terminach „taksonomia” i „taksonomia”. W słowniku termin „taksonomia lub taksonomia” definiuje się jako „teorię i praktykę klasyfikacji organizmów”.
W biologii taksonomia jest nierozerwalnie związana z systematyką . Ta ostatnia, zdefiniowana jako badanie różnorodności i ewolucyjnych relacji między organizmami żywymi lub kopalnymi, zawiera w naturalny sposób dwa uzupełniające się elementy, które są filogenetyką , to znaczy dyscypliną zainteresowaną rekonstrukcją `` drzewa życia '' i taksonomią, która tworzy formalne klasyfikacje. Sposób, w jaki taksonomia musi uwzględniać wyniki filogenetyki, jest także źródłem żywych sporów metodologicznych, a przede wszystkim filozoficznych.
W praktyce termin „systematyczny” oznacza zarówno zastosowaną metodę (mówimy np. „Systematyka filogenetyczna”), jak i wynik uzyskany tą metodą („systematyka agaricales ”). W konkretnym sensie rezultatu te dwie nauki nie różnią się zbytnio i często są mylone, ponieważ uprawiają je jednocześnie ci sami ludzie. Taksonomiści zawsze byli nazywani systematykami, ponieważ po zbadaniu i opisaniu organizmów w naturalny sposób próbowali sklasyfikować je z niskiego poziomu gatunków ( taksonomia alfa lub „taksonomia pierwotna”).
Ci, którzy głównie posługują się zmysłem metody ( w szczególności filogenetycy ), często nazywają wynik „klasyfikacją”, a czasem „taksonomią”, nadużywając języka, zwłaszcza w dyscyplinach niebiologicznych (patrz Taksonomia (ujednoznacznienie) ).
Pierwsza klasyfikacja roślin jest zazwyczaj przypisuje się Theophrastus na koniec IV -go wieku pne. AD , nawet jeśli jego Historia roślin częściowo opiera się na teoriach szkoły pitagorejskiej . Pierwszym znanym klasyfikatorem zwierząt był Arystoteles w traktacie Historia zwierząt . Ten, który jest tradycyjnie przedstawiany jako „ojciec nauki”, zapożycza rozróżnienie od Demokryta , dzieląc zwierzęta na dwie klasy, te, które mają krew i te, które jej nie mają (zwierzęta z białą lub bezbarwną krwią, które nazywa limfą). On dzieli krwiste zwierzęta na pięć klas (viviparous czworonogów, walenie, ptaki, jajorodny czworonogów i ryby) oraz zwierząt białe krwią na cztery (mięczaków, testaceans , skorupiakami i owadami).
Przyrodnik szwedzki Linneusz ( 1707 - 1778 ) podwaliny systematyczny i był autorem klasyfikacji którego głównym zasady były podstawą naukowych systematyczne aż do połowy XX th wieku .
Chociaż, podobnie jak metoda Jussieu , używa nazw dwumianowych i opowiada się za „metodą naturalną” w przeciwieństwie do „sztucznego systemu” Carla von Linné , taksonomia zaproponowana przez de Candolle odbiega od niej ze względu na wagę przypisywaną cięciom. Podczas gdy dla Linné i Jussieu natura „ nie robi skoku ”, Candolle kładzie nacisk na nieciągłości, które są podstawą pojęcia taksonu , zarówno jednostki , jak i cięcia .
W klasycznej systematyce (czasami nazywanej „linneuszem”), wewnętrzny hierarchiczny porządek taksonów był pierwotnie oparty na kryteriach podobieństwa „morfologicznego” i domniemanego podobieństwa. Chociaż mocno antropocentryczna i odzwierciedla przyczyny różnorodności żywych rzeczy ( Bożego stworzenia ), jak myśleliśmy następujące 250 lat, nadal jest w początku XXI th wieku , część wspólnego tła kulturowego wszystkich przyrodników. Ale później, w miarę postępu wiedzy, w szczególności z prac Jeana-Baptiste de Lamarcka i Karola Darwina , zakon ten szybko miał ambicję, aby ponadto dać obraz ewolucji .
Antropocentryzm został pokonany przez Karola Darwina, który zalecił 24 listopada 1859 r. ( W O pochodzeniu gatunków ) czysto genealogiczną klasyfikację . Jeśli nastąpiła ewolucja, gatunki należy klasyfikować zgodnie z ich stopniem pokrewieństwa ewolucyjnego . Ale usunięcie taksonów polifiletycznych zajmie prawie sto lat, zanim dojdzie do porozumienia. Z drugiej strony, rozbieżne interpretacje terminu „genealogia” w Darwinie, jako patrystyczny dystans lub jako względna niedawność ostatniego wspólnego przodka , dały początek dwóm przeciwstawnym prądom intelektualnym w taksonomii, odpowiednio ewolucjonizmowi i kladyzmowi .
W drugiej połowie XX XX wieku , tak zwane systematyczne filogenetyczne wzrosła od sposobu rekonstrukcyjnej rozwój rozbić: THE kladystyczna inicjowane przez Willi Hennig w 1950 roku . Metoda ta jest globalnie oparta na związkach ewolucyjnych, dla których podstawowym kryterium wyboru klasyfikacji jest to, że musi ona ściśle odzwierciedlać filogenezę, to znaczy stopnie pokrewieństwa między gatunkami. Samo pojęcie takiej filogenezy jest konsekwencją teorii ewolucji , a predykcyjny sukces drzew filogenetycznych jest jednym z dowodów tej teorii.
Ważny postęp w genomice stał się możliwy dzięki automatycznej analizie genetycznej oraz opracowaniu narzędzi i modeli komputerowych. Narzucają i pozwalają na ponowne zdefiniowanie pewnych gatunków lub grup gatunków oraz umożliwiłyby lepsze poznanie i monitorowanie gatunków.
Wszystkie obecne klasyfikacje mają postać drzewa (klasyfikacja drzewiasta), od korzenia obejmującego wszystkie istoty żyjące, które istnieją lub istniały, do jednostek . Każdy węzeł drzewa definiuje takson , który grupuje wszystkie sub-taksony generowane przez węzeł.
Ważną i dość stabilną koncepcją klasyfikacji jest pojęcie gatunku . To zgrupowanie jest stosunkowo dobrze zdefiniowane, przynajmniej dla gatunków hodowlanych .
Gatunek definiuje się jako społeczność inter-płodnych żywych istot (lub inter- płodnych, zdolnych do rozmnażania się między sobą), zdolnych do wymiany materiału genetycznego i produkowania płodnych potomków (w rzeczywistości niektóre osobniki tego samego rodzaju, ale należące do różnych gatunków, mogą krzyżować się z dać osobnik hybrydowy , ale ten jest najczęściej bezpłodny). W przypadku rozmnażania ściśle bezpłciowego mówimy niewłaściwie o gatunkach zamiast o rodowodzie , grupa jest wówczas czysto filogenetyczna. Inaczej jest w przypadku bytów z pogranicza życia ( wirusy , priony ); są generalnie wyłączone z klasyfikacji. Inną trudnością do zacytowania są ścisłe symbiozy , takie jak porosty (które łączą organizm o charakterze grzybowym i organizm zdolny do fotosyntezy o charakterze roślinnym), ale ogólnie jeden z partnerów jest w stanie żyć bez " kojarzą się z drugim i możemy je podzielić na dwa odrębne gatunki, z cechą jednego z dwóch gatunków polegających na tym, że nie są w stanie przetrwać bez drugiego.
Opis nowego gatunku przeprowadza taksonomista w oparciu o aktualną wiedzę, na podstawie dostępnych danych i narzędzi analitycznych. Opis ten może podważyć inny specjalista, który nie podziela tej samej koncepcji, lub odkrycie nowych metod analizy.
Gatunki są nazwane zgodnie z systemem dwumianowym zastosowano po raz pierwszy przez Guillaume Rondelet i Pierre Belon w XVI -tego wieku i uogólnione przez Karola Linneusza w XVIII -tego wieku . Naukowa nazwa gatunku to połączenie dwóch łacińskich słów lub uważanych za łacińskie (do trzech w niektórych dyscyplinach, dla podgatunku, odmiany lub formy), zwykle zapisywane kursywą : nazwa rodzaju, po której następuje jeden lub dwa specyficzne epitety.
Poniżej rangi rodzaju wszystkie nazwy taksonów nazywane są kombinacjami. Istnieje kilka kategorii kombinacji:
Obecne podejście filogenetyczne wykorzystuje dane z kladystyki , ale jego wymagania ograniczają się do akceptowania tylko taksonów monofiletycznych , czyli odpowiadających danemu kladowi . Zwraca się z prośbą o ograniczenie taksonów do tych, które spełniają następujące dwa warunki:
Mówimy wtedy tylko o taksonie monofiletycznym lub kladowym. To ograniczenie spowodowało fundamentalne zmiany w klasyfikacji naukowej, niektóre z nich wywróciły „zdrowy rozsądek” ukształtowany przez dziedzictwo kulturowe. Tak więc dinozaury nie zniknęły , współczesna systematyka włącza ptaki do grupy „dinozaury”.
Wśród innych przykładów tradycyjne taksony, takie jak gady , ryby , glony , dwuliścienne , pongidy , nie mają prawa być cytowane w systematyki filogenetycznej, ponieważ są uważane za polifiletyczne (wielokrotne pochodzenie) lub parafiletyczne (niekompletne) ( dwuliścienne zostały zastąpione przez dwuliścienne prawdziwe ). Inni przeżyli z pewnymi następstwami, takimi jak grzyby . Wreszcie niektórzy przetrwali burzę jako zwierzęta ( metazoans ) lub ssaki . Zauważ, że nie było nic oczywistego, że wszystkie zwierzęta wielokomórkowe mają wspólnego przodka, który oddziela je od jakiejkolwiek rośliny lub grzyba.
Poza tym jego struktura pozostaje zasadniczo linneńska, a nomenklatura (tj. Same nazwy) również.
Istnieje kilka technicznych podejść do konstruowania drzew filogenetycznych.
Zgodnie z publikacjami, do tej pory znajdujemy klasyfikacje wszystkich typów, od tradycyjnej klasyfikacji, która prawie nie była zmieniana, po klasyfikacje ściśle kladystyczne bez rang taksonomicznych, w tym różne mieszanki, na przykład utrzymujące rangi taksonomiczne, ale zgodne z kladami , lub postfilogenetyczne metody leczenia automatycznie podkreślające ewoluujące stopnie .
Praktyki dyscypliny ewoluują w kierunku integracyjnego nauki przez artykulacji poboru próbek w terenie, w różnych częściach świata, z opisem pracy w laboratorium , łącząc tradycyjne podejście ( morfologia , ekologia , itd. ), A nowsze metody molekularne ( molekularne kody kreskowe ).
Postępy w genetyce i bioinformatyce umożliwiają również postęp w taksonomii, co również skutkuje częstymi rewizjami i aktualizacjami, co czasami odbywa się w alternatywnych, bardziej kooperatywnych i reaktywnych trybach publikacji naukowych.
Ponadto badanie bioróżnorodności bakterii lub gatunków drobnoustrojów w glebie lub oceanach jest złożone i wymaga - oprócz nowych środków w metagenomice ( kod kreskowy DNA drobnoustrojów ) - współpracy wielu specjalistów rozsianych po całym świecie. świat.
Przyrodnicy opracowali narzędzia do współpracy i dzielenia się, na przykład z Tela botanica (dla botaników ), a ostatnio z European Journal of Taxonomy (EJT). Jest to międzynarodowe czasopismo naukowe o taksonomii opisowej, wspierane przez Konsorcjum WCY ( muzeów historii naturalnej i ogrodów botanicznych ), wydawane w języku angielskim, w formacie elektronicznym, na licencji Open Access, na licencji Creative Commons (3.0), czyli otwarte dostęp, bezpłatna publikacja i bezpłatne konsultacje. Zajmuje się dziedzinami zoologii , entomologii , botaniki i paleontologii . Artykuły są pracami autorskimi, spełniającymi wysokie kryteria jakościowe pod względem merytorycznym i formalnym (stylistyka, ilustracje itp.). Czasopismo ma charakter europejski, ale tematy mogą dotyczyć wszystkich gatunków, niezależnie od kraju ich pochodzenia. Dzięki temu można lepiej i szybciej udostępniać rewizje taksonomiczne, monografie i artykuły tematyczne lub opiniotwórcze.
: dokument używany jako źródło tego artykułu.