Filoviridae

Filoviridae Opis tego obrazu, również skomentowany poniżej Wirus Ebola ( transmisja mikroskopu elektronowego
 ). Klasyfikacja według ICTV
Królestwo Riboviria
Królować Orthornavirae
Gałąź Negarnaviricota
Sub-embr. Haploviricotina
Klasa Monjiviricetes
Zamówienie Mononegavirales

Rodzina

Filoviridae
ICTV 1987

Rodziny z Filoviridae lub filovirus należy do rzędu z Mononegavirales (mononegavirus) grupa wirusów o niesegmentowanej pojedynczego - stranded RNA o ujemnej polaryzacji . Filowirusy są tak nazwane, ponieważ mają włóknisty wygląd.

Większość z nich (ale jest kilka wyjątków) to czynniki zakaźne odpowiedzialne za szczególnie śmiertelne ostre gorączki krwotoczne , w tym:

Taksonomia

Należą one do celu z Mononegavirales , w tym wirusów RNA osieroconych niesegmentowanych ujemny . Początkowo klasyfikowane jako rabdowirusy , obecnie filowirusy tworzą odrębną rodzinę i są w rzeczywistości bliższe paramyksowirusom , wśród których znajdujemy w szczególności wirusy świnki i odry .

Znanych jest pięć różnych wirusów , z których każdy jest powiązany przez ICTV z jednym z pięciu gatunków z rodzaju Ebolavirus . Jednak taksonomia filowirusów jest nowa i nadal ewoluuje wraz z postępem filogenetycznym , co powoduje względne zamieszanie między różnymi nazwami wybranymi przez autorów. Ugruntowane zastosowanie w laboratoriach sprawia wirusa Ebola synonimem oznaczenie z rodzaju Ebolavirus spadła w pięć podtypów wirusa, natomiast nazewnictwo przyjęte przez ICTV , dzięki czemu wirus Ebola wirusa z gatunku typu z rodzaju Ebolavirus , nie został jeszcze ratyfikowany.

Wyróżniamy:

Virions

Filowirusy to, jak sugeruje ich nazwa, cząsteczki wirusa o włóknistym wyglądzie. Sam kapsyd ma wygląd nitkowatego U, 6, haczyka lub pręta i może być rozgałęziony.

Ponadto są wirusami otoczkowymi - kapsyd nie jest nagi, lecz pokryty błoną lipidową. Wiriony charakteryzują się również obecnością silnie glikozylowanej glikoproteiny składającej się z dwóch różnych podjednostek i tworzących trimery wstawione do otoczki wirusa, tworząc projekcje 7 nm oddalone od siebie o około 10 nm .   


Genomika

Nazwa gatunku wirusa zatwierdzonego przez ICTV uległa znacznej zmianie od czasu identyfikacji tych wirusów. Taksonomia rodziny może nadal ewoluować wraz z postępem badań genetycznych i możliwym odkryciem nowych członków rodziny, w strefach tropikalnych , ale także w strefach umiarkowanych (na przykład w Europie wykryto wirusa zbliżonego do Eboli).

Wirusy te mają genom 19  kilozasad , dłuższy niż większość mononegawirusów (których genom ma od 8 do 16  kb ). Ich genomowy RNA zawiera jeden lub więcej nakładających się genów . Te geny w genom są uporządkowane według schematu 3 'UTR - NP -VP35 - VP40- GP -VP30 - VP24- L - 5'-UTR  ; białko VP24 jest specyficzne dla filowirusów, podczas gdy białko VP30 jest częściowo analogiczne do białka wyrażanego tylko w pneumowirusach .

Genomy wirusów z rodzaju Ebolavirus
Wirus Rozmiar genomu RNA
 Kurs GC Nr ref.
Ebola 18,96 kb 41,1% [1]
Sudan 18,88 kb 41, 3% [2]
Reston 18,89 kb 40,6% [3]
Las Tai 18,93 kb 42, 3% [4]
Bundibugyo 18,94 kb 42,0% [5]

Różnice genetyczne między różnymi wirusami z rodzaju Ebolavirus można zilustrować, porównując rozmiar różnych genomów i odpowiadające im poziomy GC (patrz tabela obok).

Dla porównania, między innymi filowirusami, wirus Marburg z rodzaju Marburgvirus ma genom o długości 19,11  kb z szybkością GC 38,8%, podczas gdy wirus Lloviu z rodzaju Cuevavirus ma genom 18,93  kb ze wskaźnikiem GC 46,0%.

Patogeniczność

Wirusy te rozwijają się w organizmie niektórych zwierząt (w szczególności nietoperzy i naczelnych - innych niż ludzie, a także ludzi).

Patogenny charakter różnych filowirusów, czy to rodzaju Ebolavirus, czy rodzaju Marburgvirus , jest bardzo podobny pod tym względem, że wszystkie te wirusy są związane z wybuchami gorączki krwotocznej u ludzi i innych naczelnych z ciężkimi objawami. Jednak różnią się one z genetycznego punktu widzenia sekwencją nukleotydów, która może różnić się od 30 do 40% w zależności od szczepu, co skutkuje bardzo różnym nasileniem między patologiami wywoływanymi u ludzi przez te różne wirusy - śmiertelność może zatem wynosi zero u ludzi w przypadku wirusa Reston, ale zbliża się do 90% w przypadku wirusa Ebola - chociaż czynniki środowiskowe mogą również wyjaśniać te różnice.

Wirus Reston został wyizolowany w 1989 roku od makaków jedzących kraby na Filipinach . Występuje również w Chinach , jest mniej patogenny u naczelnych innych niż ludzie i uważano, że nie wpływa na ludzi, dopóki nie zidentyfikowano przeniesienia wirusa ze świń na ludzi w 2009 r Wirus Bundibugyo, odkryty w 2008 roku, jest bardziej podobny do wirusa Tai Forest, ale jest bardziej zjadliwy niż ten drugi.

Ewolucja

Aby wiedzieć, czy filowirusy są rzeczywiście źródłem ryzyka pandemii , warto poznać historię tych wirusów oraz określić i zrozumieć ich ewolucyjne i adaptacyjne zdolności (poprzez grę mutacji) w perspektywie długoterminowej i średniej krótkoterminowe podczas epidemii lub w celu oceny ich zdolności do przystosowania się do innych środowisk i innych żywicieli.

Zgodnie z dostępnymi danymi genetycznymi, wirusy z grup Marburga (marburgwirus) i Ebola (ebolawirus) z Sudanu mają niedawnego wspólnego przodka (w skali ewolucyjnej); urodziliby się z tego przodka około 700 lat przed naszymi czasami w pierwszej grupie i około 850 lat temu w drugiej. Znani członkowie rodziny Filoviridae (w tym niedawno opisany wirus Lloviu ) mieli wspólnego przodka w wieku około 10 000 lat (koniec ostatniej epoki lodowcowej ).

Według Sereny A. Carroll i wsp., Zrozumienie przeszłości i paleo-środowiska tych wirusów może pomóc w lepszym zrozumieniu roli gatunków rezerwuarowych oraz w lepszym zwalczaniu epidemii ludzi lub zapobieganiu im poprzez lepsze zrozumienie mechanizmów pojawiania się i ewolucji patogeniczności wirusów i zagrożeń dla zdrowia publicznego i środowiskowego ( ekopidemiologia ).
W szczególności ważne jest, aby zrozumieć, czy i jak dzikie zwierzęta ( mięso z buszu , małpy przeznaczone do doświadczeń na zwierzętach itp.) lub niektóre zwierzęta hodowlane lub udomowione, które mogą być przedmiotem handlu międzynarodowego, mogą być nosicielami lub nawet zdrowymi nosicielami wirusy z tej rodziny i ich odporność, jeśli tak jest, w tym na przykład świni, która jest na świecie coraz bardziej homogenizowana genetycznie, potencjalny wektor wielu wirusów.

Lista rodzajów i gatunków

Według ICTV (wersja z lipca 2019 r.):

Uwagi i odniesienia

  1. (in) „  Transmisyjna mikroskopia elektronowa wirusa Ebola  ” , CDC , USA
  2. ICTV. Międzynarodowy Komitet Taksonomii Wirusów. Historia taksonomii. Opublikowano w Internecie https://talk.ictvonline.org/., Dostęp 5 lutego 2021 r
  3. (en) "  Taksonomia wirusów: wydanie 2019  " , ICTV , lipiec 2019(dostęp 5 lutego 2021 ) .
  4. Sanchez A, Geisbert TW, Feldmann H. 2007. Filoviridae: Marburg and Ebola Viruses , str.  1409–1448 . W Knipe DM, Howley PM (red.), Fields virology . Lippincott Williams and Wilkins, Philadelphia, PA.
  5. McKee, K. i Khan, AS (1998) Wirusy gorączki krwotocznej należące do rodzin Arenaviridae, Filoviridae i Bunyaviridae. Choroby zakaźne, 2249–65.
  6. (w) Anthony Sanchez, Michael P. Kiley, Hans-Dieter Klenk i Heinz Feldmann, „  Analiza sekwencji genu nukleoproteiny wirusa Marburg z Ebolą i innymi niesegmentowanymi wirusami RNA o ujemnej polarności  ” , Journal of General Virology , tom .  73 N O  2 Luty 1992, s.  347-357 ( PMID  1538192 , DOI  10.1099 / 0022-1317-73-2-347 , czytaj online )
  7. (en) Jonathan S. Towner, Tara K. Sealy, Marina L. Khristova, César G. Albariño, Sean Conlan, Serena A. Reeder, Phenix-Lan Quan, W. Ian Lipkin, Robert Downing, Jordan W. Tappero, Samuel Okware, Julius Lutwama, Barnabas Bakamutumaho, John Kayiwa, James A. Comer, Pierre E. Rollin, Thomas G. Ksiazek i Stuart T. Nichol, „  Newly Discovery Ebola Virus Associated with Hemorrhagic Fever Outbreak in Uganda  ” , PLoS Pathogens , vol.  4, n O  11 Listopad 2008, e1000212 ( PMID  19023410 , PMCID  2581435 , DOI  10.1371 / journal.ppat.1000212 , czytaj online )
  8. (w) Ayato Takada i Yoshihiro Kawaoka, „  Patogeneza gorączki krwotocznej Ebola  ” , Trends in Microbiology , tom.  9 N O  10, Październik 2001, s.  506-511 ( PMID  11597453 , DOI  10.1016 / S0966-842X (01) 02201-6 , czytaj online )
  9. (i) Jens H. Kuhn Stephan Becker Hideki Ebihara Thomas W. Geisbert Karl M. Johnson, Yoshihiro Kawaoka W. Ian Lipkin Ana I. Negredo Sergey V. Netesov Stuart T Nichol, Gustavo Palacios, Clarence J. Peters, Antonio Tenorio, Viktor E. Volchkov i Peter B. Jahrling, „  Propozycja rewizji taksonomii rodziny Filoviridae : klasyfikacja, nazwy taksonów i wirusów oraz skróty wirusów  ” , Archives of Virology , vol.  155 n O  12, grudzień 2010, s.  2083-2103 ( PMID  21046175 , PMCID  3074192 , DOI  10.1007 / s00705-010-0814-x , czytaj online )
  10. „  Opinia Wysokiej Rady ds. Zdrowia Publicznego w sprawie postępowania, jakie należy podjąć w przypadku podejrzenia wystąpienia choroby Ebola  ” [PDF] , hat Conseil de la santé publique (Francja),10 kwietnia 2014
  11. „  Infections by Filoviruses, Arenaviruses and Hantaviruses  ” [PDF] - Strony 723 i następne prac Kolegium Uniwersytetów Chorób Zakaźnych i Tropikalnych (CMIT).
  12. (w) S. Pattyn, G.vander Groen, W. Jacob, P. i G. Piot Courteille, „  Izolacja wirusów marburskich z przypadku gorączki krwotocznej w Zairze  ” , The Lancet , vol.  309 n O  8011, 12 marca 1977, s.  573-574 ( PMID  65663 , DOI  10.1016 / S0140-6736 (77) 92002-5 , czytaj online )
  13. (w) Sylvain Baize, Delphine Pannetier Lisa Oestereich Toni Rieger, Lamine Koivogui, N'Faly Magassouba bar Soropogui Mamadou Saliou Sow, Sakoba Keïta, Hilde De Clerck, Amanda Tiffany Gemma Dominguez, Mattéhew Loua, Alexis Rololi Mousmanuel , Emmanuel Heleze, Anne Bocquin, Stephane Mély, Hervé Raoul, Valérie Caro, Dániel Cadar, Martin Gabriel, Meike Pahlmann, Dennis Tappe, Jonas Schmidt-Chanasit, Benido Impouma, Abdoul Karim Diallo, Pierre Formenty, Michel Van Herp i Stephan Günther, „  Pojawienie się choroby wirusowej Ebola w Zairze w Gwinei - raport wstępny  ” , The New England Journal of Medicine , 2014( PMID  24738640 , DOI  10.1056 / NEJMoa1404505 , czytaj online )
  14. „  Gorączka krwotoczna Ebola w Sudanie, 1976. Raport WHO / International Study Team  ”, Biuletyn Światowej Organizacji Zdrowia , vol.  56 N O  21978, s.  247–270 ( ISSN  0042-9686 , PMID  307455 , PMCID  2395561 , czytaj online , dostęp 28 stycznia 2021 )
  15. PB Jahrling , TW Geisbert , DW Dalgard i ED Johnson , „  Raport wstępny: izolacja wirusa Ebola od małp importowanych do USA  ”, Lancet (Londyn, Anglia) , tom.  335 n O  8688,3 marca 1990, s.  502–505 ( ISSN  0140-6736 , PMID  1968529 , DOI  10.1016 / 0140-6736 (90) 90737-p , czytaj online , dostęp 28 stycznia 2021 )
  16. B. The Guenno , P. Formenty , P. Formentry i M. Wyers , „  Izolacja i częściowa charakterystyka nowego szczepu Ebola  ”, Lancet (Londyn, Anglia) , tom.  345 n O  8960,20 maja 1995, s.  1271-1274 ( ISSN  0140-6736 , PMID  7746057 , DOI  10.1016 / s0140-6736 (95) 90925-7 , czytaj online , dostęp 28 stycznia 2021 )
  17. Jonathan S. Towner , Tara K. Sealy , Marina L. Khristova i César G. Albariño , „  Nowo odkryty wirus ebola związany z wybuchem gorączki krwotocznej w Ugandzie  ”, PLoS patogens , vol.  4, n O  11Listopad 2008, e1000212 ( ISSN  1553-7374 , PMID  19023410 , PMCID  2581435 , DOI  10.1371 / journal.ppat.1000212 , czytaj online , dostęp 28 stycznia 2021 )
  18. (in) David Goodsell , „  Białka wirusa Ebola  ” [PDF] na rcsb.org/pdb ,październik 2014( DOI  10.2210 / rcsb_pdb / mom_2014_10 )
  19. (w) „  Historia taksonomii ICTV dla ebolawirusa w Zairze  ” , ICTV
  20. (in) „  Historia taksonomii ICTV dla ebolawirusa Sudanu  ” , ICTV
  21. (w) „  Historia taksonomii ICTV dla ebolawirusa Reston  ” , ICTV
  22. (w) „  Historia taksonomii ICTV dla ebolawirusa lasu Tai  ” , ICTV
  23. (w) „  Historia taksonomii ICTV dla ebolawirusa Bundibugyo  ” , ICTV
  24. „  choroba wirusowa Ebola  ” , WHO ,kwiecień 2014
  25. Barrette RW, Xu L, Rowland JM, McIntosh MT. 2011. Aktualne perspektywy filogenezy Filoviridae. Infekować. Miotła. Evol. 11 (7): 1514–1519. CrossRef
  26. Negredo A, Palacios G, Vazquez-Moron S, Gonzalez F, Dopazo H, Molero F, Juste J, Quetglas J, Savji N, de la Cruz Martinez M, Herrera JE, Pizarro M, Hutchison SK, Echevarria JE, Lipkin WI , Tenorio A. (2011) Odkrycie filowirusa podobnego do ebolawirusa w Europie . PLoS Pathog. 7: e1002304. doi: 10.1371 / journal.ppat.1002304.
  27. (w) Marburgvirus Marburg w witrynie Genome of NCBI .
  28. (w) Cuevavirus Lloviu w witrynie Genome of NCBI .
  29. Ryabchikova, EI, Kolesnikova, LV i Netesov, SV (1999) Zwierzęca patologia infekcji filowirusowych . Aktualne tematy z mikrobiologii i immunologii, 235, 145.
  30. (in) „  Mapa dystrybucji gorączki krwotocznej Ebola  ” , Centra Kontroli i Zapobiegania Chorobom
  31. Martina B i Osterhaus A (2009) Filoviruses „: prawdziwe zagrożenie pandemią ?;  EMBO Mol Med. (2009) 1 (1): 10-18
  32. Rodriguez LL, De Roo A, Guimard Y, Trappier SG, Sanchez A, Bressler D, Williams AJ, Rowe AK, Bertolli J, Khan AS, Ksiazek TG, Peters CJ, Nichol ST (1999) Trwałość i stabilność genetyczna wirusa Ebola podczas wybuchu epidemii w Kikwit, Demokratyczna Republika Konga, 1995 . J. Infect. Mówić. 179 (supl 1): S170 - S176.
  33. Barrette RW, Metwally SA, Rowland JM, Xu L, Zaki SR, Nichol ST, Rollin PE, Towner JS, Shieh WJ, Batten B, Sealy TK, Carrillo C, Moran KE, Bracht AJ, Mayr GA, Sirios-Cruz M , Catbagan DP, Lautner EA, Ksiazek TG, White WR, McIntosh M (2009) Discovery of swine as a host for the Reston ebolavirus . Science 325: 204–206. Streszczenie / DARMOWY pełny tekst

Biologiczne odniesienia

Zobacz też

Powiązane artykuły

Linki zewnętrzne

(en) „  Zasoby naukowe do badań nad filowirusami  ” , na FILOVIR (dostęp 16 lipca 2014 r. )

Bibliografia