Wybutosin

Wybutosin
Struktura wybutosyny
Identyfikacja
Nazwa IUPAC 7 - {(3 S ) -4-metoksy-3 - [(metoksykarbonylo) amino] -4-oksobutylo} -4,6-dimetylo-3- (β- D- ribofuranozylo) -3,4-dihydro-9 H -imidazo [1,2- a ] puryn-9-on
Synonimy

yW

PubChem 90658156
ChEBI 46574
UŚMIECHY COC (= O) N [C @@ H] (CCc1c (C) nc2n (C) c3n (cnc3c (= O) n12) [C @@ H] 1O [C @ H] (CO) [C @@ H ] (O) [C @ H] 1O) C (= O) OC
PubChem , widok 3D
InChI Std. InChI: widok 3D
InChI = 1S / C21H28N6O9 / c1-9-11 (6-5-10 (19 (32) 34-3) 24-21 (33) 35-4) 27-17 (31) 13-16 ( 25 (2) 20 (27) 23-9) 26 (8-22-13) 18-15 (30) 14 (29) 12 (7-28) 36-18 / godz. 8,10,12,14-15, 18,28-30H, 5-7H2,1-4H3, (H, 24,33) / t10-, 12 +, 14 +, 15 +, 18 + / m0 / s1
Std. InChIKey:
QAOHCFGKCWTBGC-QHOAOGIMSA-N
Właściwości chemiczne
Brute formula C 21 H 28 N 6 O 9   [Izomery]
Masa cząsteczkowa 508,4818 ± 0,0227  g / mol
C 49,6%, H 5,55%, N 16,53%, O 28,32%,
Jednostki SI i STP, chyba że określono inaczej.

Wybutozyna jest nukleozyd silnie zmodyfikowane zawierający wyosine i zaczerpnięta z guanozyną znajdujące się w pewnych RNA przenoszącego gdzie stabilizuje interakcji pomiędzy kodonami i anticodons w biosyntezę białka przez rybosomy . W organizmach eukariotycznych , w tym nukleozydów występuje w pozycji 37 tRNA z fenyloalaniny, to znaczy w kontakcie z „końcem antykodon, który stabilizuje 3 parowanie z zasadami kwasu nukleinowego z kodonu na RNA . Jest konserwowany u eukariontów i archeonów , ale nie występuje u bakterii .

Duży rozmiar zasady kwasu nukleinowego tego nukleozydu skutkuje zwiększeniem interakcji w stosie z sąsiednimi zasadami, co zmniejsza elastyczność RNA na poziomie antykodonu i ogranicza przesunięcia ramek odczytu . Ogólnie rzecz biorąc, zasady w pozycjach 34 i 37 transferowego RNA są bardzo często modyfikowane, co podkreśla ich decydującą rolę w dokładności translacji genów .

Jest możliwe, że obecność wybutozyna w pozycji 37 tRNA Phe ma relację do sekwencji z kodonem z fenyloalaniny , która UUU lub UUC: obecność tych kodonów mogą generować „  sekwencję śliskiego  ” na informacyjny RNA , same sekwencje zdolne do przemieszczania się ramkę odczytu o z rybosomami , stąd znaczenie zmodyfikowane zasady w tRNA zdolnych kontrolować dokładność przekład dokładnie uniknięcia tego przesunięcia w ramce odczytu.

Uwagi i odniesienia

  1. obliczona masa cząsteczkowa od „  atomowych jednostek masy elementów 2007  ” na www.chem.qmul.ac.uk .
  2. (w) Akiko Noma Yohei Kirino, Yoshiho Tsutomu Ikeuchi i Suzuki , „  Biosynthesis of wybutosine, a hyper-modified nukleozyd w eukariotycznym tRNA fenyloalaninie  ” , The EMBO Journal , Vol.  25 N O  10, 17 maja 2006, s.  2142-2154 ( PMID  16642040 , PMCID  1462984 , DOI  10.1038 / sj.emboj.7601105 , czytaj online )
  3. (w) Yoko Suzuki Akiko Noma Suzuki Tsutomu Miki Senda, Senda Toshiya, Ryuichiro Ishitani i Osamu Nureki , „  Crystal Structure of the Radical SAM enzyme Catalyzing Tricyclic Modified Training Base in tRNA  ” , Journal of Molecular Biology , vol.  372 n O  5, 5 października 2007, s.  1204-1214 ( PMID  17727881 , DOI  10.1016 / j.jmb.2007.07.024 , czytaj online )
  4. (w) John W. Stuart, Karl M. Koshlap Richard Guenther i Paul F. Agris , „  Naturalnie występująca poprawka ogranicza przestrzeń konformacyjną domeny antykodonowej tRNA Phe  ” , Journal of Molecular Biology , vol.  334 n O  5, 12 grudnia 2003, s.  901-918 ( PMID  14643656 , DOI  10.1016 / j.jmb.2003.09.058 , czytaj online )
  5. (w) Thomas Christian Georges Lahoud Liu Cuiping i Ya-Ming Hou , „  Kontrola cyklu katalitycznego przez parę analogicznych enzymów modyfikujących tRNA  ” , Journal of Molecular Biology , vol.  400 n O  2 9 lipca 2010, s.  204-217 ( PMID  20452364 , PMCID  2892103 , DOI  10.1016 / j.jmb.2010.05.003 , czytaj online )