Eubakterie ( bakterie i bakterie właściwe ) lub „ bakterie prawdziwymi ”, to główną grupą prokariontów . Zgodnie z teorią trzech domen eubakterie tworzą jeden z trzech głównych kladów, które dzielą świat żywy, pozostałe dwa to archeony (inna grupa prokariontów ) i eukarionty . Dla innych specjalistów w zakresie systematyki , eubakterie są znacznie starsze niż pozostałych dwóch domen, a więc nie stanowiłoby monofiletyczny grupę lecz parafiletycznych klasy .
Należą do nich np cyjanobakterii (która pochodzi z chloroplastów według symbiogeneza ) w Proteobacteria (która pochodzi z mitochondriów według takiej samej wydajności teoretycznej), z Mycoplasma ( mollicutes ) z rodziny Enterobacteriaceae , w Pseudomonas i większości bakterii na gram-dodatnich .
Utworzenie taksonu Eubacteria , uważanego za królestwo pierwotne, miało miejsce w 1977 roku.
Zmiana nazwy w domenie Bacteria przeprowadzona w 1990 roku nie jest akceptowana przez wszystkich biologów.
Eubakterie odróżnia z jednej strony od eukariotów ich budowa komórkowa (struktura prokariotyczna), której jedną z cech jest brak jądra, az drugiej strony od archeonów różne aspekty chemiczne (w tym budowa błony komórkowej) , i genetyka.
Ich rozmiar różni się od rozmiaru wirusa, takiego jak niektóre nanobakterie (0,05 µm), do rozmiaru większego niż rozmiar przeciętnego pierwotniaka ( Epulopiscium fishelsoni (600 µm x 80 µm) jest znacznie większy niż Pantofelek ).
Wiele bakterii ma struktury zewnątrzkomórkowe, takie jak:
Niektóre bakterie mogą tworzyć cienkie warstwy na zewnątrz ściany komórkowej, zwykle złożone głównie z polisacharydów (cukrów).
Bakterie z grupy Cytophaga - Flavobacterium wytwarzają warstwę śluzową, która pozwala im pozostawać w bliskim kontakcie z podłożem stałym. Innych bakterii, takich jak Spirillum może otoczyć się w warstwie białka zwanego warstwa S .
Niektóre bakterie są mobilne i mogą poruszać się za pomocą wici. Wici u bakterii są długimi, elastycznymi przydatkami białkowymi. Ich liczba i położenie mogą się różnić w zależności od gatunku. Biczowanie polarne jednorodne (lub rzęski) odpowiada obecności pojedynczej wici na jednym biegunie bakterii (przykład Vibrio ). Biczowanie biegunowe Lophotriche odpowiada obecności kilku wici na biegunie bakterii ( Pseudomonas ). Inne bakterie, takie jak Escherichia coli, wytwarzają wici na całej powierzchni komórki, a zatem mają wici okołopochodne.
Wiele bakterii (takich jak Escherichia coli ) ma dwa różne tryby ruchu: ruch do przodu (pływanie) i ruch obrotowy lub ruch „toczenia”, zwany także w języku angielskim „lang”. Przewracanie się pozwala im zmienić orientację i sprawia, że wykonują trójwymiarowy ruch, ewoluując w przypadkowy ruch chodzenia . Wici grupy bakterii, krętków, znajdują się między dwiema błonami w przestrzeni peryplazmatycznej.
Włókno wici składa się z białka - flageliny . Rodzaj rotacji wici może determinować rodzaj ruchu bakterii.
Mobilne bakterie mogą reagować na bodźce, być przyciągane przez składniki odżywcze, takie jak cukry, aminokwasy, tlen, lub być odpychane przez szkodliwe substancje. Są to chemotaksja , fototaksja i magnetotaksja . Takie zachowanie nazywa się chemotaksją . Chemoreceptory o charakterze białkowym są obecne na poziomie błony komórkowej i peryplazmy bakterii i mogą wykrywać różne atrakcyjne lub szkodliwe substancje.
Jony miedzi blokują rotację wici. Aby zacząć od nowa, uciekamy się do kwasu etylenodiaminotetraoctowego , zdolnego do wychwytywania jonów, a tym samym do uwalniania wici.
Tradycyjna klasyfikacja wyróżnia na podstawie metabolizmu bakterie fotosyntetyzujące i bakterie chemotroficzne .
Grama jest decydującym czynnikiem w taksonomii (klasyfikacja wektora) bakterii. Pozwala na rozróżnienie między bakteriami Gram-dodatnimi i Gram-ujemnymi .
Nowoczesna systematyka, oparta na analizach genetycznych, wyróżnia wiele grup. Zwrócimy uwagę między innymi na cyjanobakterie , ważną grupę bakterii fotosyntetycznych.
Według Thomasa Cavalier-Smitha tworzą one grupę parafiletyczną ( wywodzą się z nich Neomura , skupiająca Archaea i Eukariota ), podczas gdy klasycznie od Carla Woese jako jedyni stanowią jedną z trzech dziedzin życia . Klasyfikacja Woese jest preferowana przez mikrobiologów na podstawie [[filogenetyka | filogenetyka ]]. Kiedy odkryto Archaea, ich zdolność do rozwoju w środowiskach klasycznie niekorzystnych dla życia sugerowała, że Archaea pojawiły się przed Bacteria, co uzasadniało nazwę Archeobacteria (stare bakterie). Bakterie zostały następnie przemianowane na Eubacteria (prawdziwe bakterie). W międzyczasie analizy filogenetyczne wykazały, że Archaea są filogenetycznie bliższe Eukariotom niż Bacteria i pojawiły się po Bacteria .
Trzy- domeny Model zaproponowany przez Carl Woese , to przeważnie akceptowane paradygmat .
Istnieją inne modele ewolucyjne: zgodnie z alternatywną teorią Thomasa Cavaliera-Smitha , z dwoma superkrólestwami lub z dwoma imperiami , według Gupty z dwoma domenami, a także zgodnie z hipotezą Valasa i Bourne'a w superkrólestwach (synteza pracy Lake i wsp. , Gupta i Cavalier-Smith).
Modele te opierają się na pojęciu stopniowania stopniowego .
Historycznie, a być może nadal w ogólnym rozumieniu, bakterie były związane z chorobami. Rzeczywiście, wiele pasożytów to bakterie (odwrotnie nie jest prawdą). Badania nad bakteriami od dawna są zdominowane przez patologię i, w mniejszym stopniu, zastosowania techniczne (w tym fermentację , promującą lub zwalczającą).
Eubakterie można znaleźć w prawie każdym środowisku, w którym możliwe jest życie. Ich rozmieszczenie waha się od atmosfery po dolne granice gleb i dna oceanów, w tym wszystkie ekosystemy .
W zależności od linii znajdujemy fototrofy (czerpiące energię ze światła), chemotrofy (znajdujące swoją energię z nieorganicznych gradientów chemicznych), heterotrofy (znajdujące swoją energię w materii organicznej, czy to żywe ( pasożytnictwo ), czy martwe ( saprofityzm )); stwierdzamy, że jest tlenowy lub beztlenowy , surowy lub nie.