PyMOL
PyMOL
Graficzne interfejsy PyMOL. Oprogramowanie może również otrzymywać instrukcje w postaci poleceń.
| Opracowany przez | Schrödinger |
|---|---|
| Pierwsza wersja | 2010 |
| Ostatnia wersja | 2.3.3 (21 sierpnia 2019) |
| Kaucja | github.com/schrodinger/pymol-open-source |
| Napisane w | Pyton |
| Berło | PyQt |
| System operacyjny | Wieloplatformowy |
| Środowisko | Wieloplatformowy |
| Czytaj formaty | Protein Data Bank ( en ) i CCP4 ( en ) |
| Języki | Wielojęzyczny |
| Rodzaj | Chemo-informatyka |
| Licencja | Licencja Python |
| Stronie internetowej | Strona internetowa PyMOL |
PyMOL to darmowe oprogramowanie do wizualizacji struktury chemicznej 3D stworzone przez Warrena DeLano. Jest używany głównie przez studentów, profesorów i badaczy chemii i biologii strukturalnej . Został opracowany w Pythonie i jest wieloplatformowy. Dzięki temu działa na systemach Windows, Mac OS X, Linux i Unix. To oprogramowanie jest regularnie używane do tworzenia wysokiej jakości obrazów 3D do publikacji naukowych. Według autora około jednej czwartej zdjęć 3D białek opublikowanych w literaturze naukowej wykonano za pomocą PyMOL-u.
Tryby wyświetlania
Oprogramowanie PyMOL obsługuje wiele trybów przeglądania:
- Drut: wiązania między dwoma atomami są reprezentowane przez drut, którego kolor wskazuje reprezentowany pierwiastek atomowy. Ta wizualizacja jest przydatna, ponieważ jest bardzo lekka i umożliwia na przykład ustawienie cząsteczki w żądanej orientacji przed utworzeniem bardziej szczegółowego i dłuższego renderowania wizualnego.
- Piłka i patyk: przedstawienie podobne do obrazu z drutu, ale „grubsze”. Jest często używany do reprezentowania ligandów (na przykład DNA lub innej organicznej cząsteczki oddziałującej z białkiem).
- Wypełnienie CPK: białko jest reprezentowane jako atomy i wiązania w skali. Ta reprezentacja uwzględnia kolory konwencjonalnych modeli molekularnych .
- Wstążka: deformacja głównego łańcucha białka jest globalnie reprezentowana przez pasek zniekształcony w przestrzeni. Tryb ten jest przydatny zwłaszcza wtedy, gdy do wizualizacji dodamy interesujące nas elementy.
- Rysunek: ta reprezentacja jest podobna do reprezentacji wstążki w tym sensie, że układ głównego łańcucha jest reprezentowany w przestrzeni przez wstążkę, ale podkreśla struktury drugorzędne . Dlatego wyraźnie wizualizujemy helisy alfa i arkusze beta odpowiednio w postaci helis i strzał. Pętle są reprezentowane przez prostą wstążkę.
- Powierzchnia: białko jest jakby „otoczone” wirtualną powierzchnią, która wyznacza strefy dostępne dla rozpuszczalnika (ogólnie wody) i bardziej wewnętrzne strefy cząsteczki. Obliczenia, a następnie graficzne przedstawienie tej powierzchni są chciwe w zasobach obliczeniowych.
Obsługiwane pliki
PyMOL, dzięki zastosowaniu w kilku dziedzinach chemii i biologii, obsługuje kilka typów plików:
- struktura (PDB, CIF, MOL, SDF, MOL2 ...);
- elektroniczna mapa gęstości (x-plor, cube ...);
- sekwencja biologiczna (fasta ...).
Zobacz też
Powiązane artykuły
Linki zewnętrzne
- (en) Oficjalna strona
- (en) Wiki