Marker genetyczny

Marker genetyczny jest gen lub polimorficznych DNA sekwencji łatwo wykrywalne za pomocą znanej lokalizacji na chromosomie . Może być stosowany w mapowaniu genetycznym do „znakowania” genomu i identyfikacji osobników lub gatunków.

Marker genetyczny można opisać jako zmienność (która może wystąpić z powodu mutacji lub zmiany loci genomowych), którą można zaobserwować. Marker genetyczny może być krótką sekwencją DNA, taką jak sekwencja wokół pojedynczej pary zasad (polimorfizm pojedynczego nukleotydu, SNP ) lub sekwencjami powtórzonymi ( VNTR ), takimi jak minisatelity .

Do 1980 roku markery genetyczne miały charakter morfologiczny, ponieważ opierały się wyłącznie na genach polimorficznych zmapowanych na podstawie analizy fenotypów . Nowe biotechnologie ( PCR itp.) Umożliwiają bezpośrednią analizę polimorfizmu sekwencji DNA w celu sporządzenia mapy genetycznej ( markery molekularne - bezpośrednio DNA - lub biochemiczne).

Rodzaje markerów

Istnieją różne rodzaje znaczników:

• RFLP , polimorfizm długości fragmentu ograniczenia,
• AFLP , polimorfizm długości amplifikowanego fragmentu
• SSLP , prosty polimorfizm długości sekwencji
• RAPD , Random Amplification of Polymorphic DNA
• SNP , polimorfizm nukleotydów,
• SSCP , jednoniciowy polimorfizm konformacyjny
• EST , wyrażony znacznik sekwencji,
• CNV , zmienność liczby kopii,
• VNTR , powtórzona sekwencja
  • SSR (proste powtórzenie sekwencji) lub polimorfizm mikrosatelitarny ,
  • minisatelita ,
  • STS , witryna z tagami sekwencyjnymi

Charakterystyka

Według Bretting i Widrlechner (1995) idealne warunki dla markera genetycznego to:

• być polimorficzne , aby móc łatwo odróżniać osoby lub linie rodowe;
• być względnie „neutralne”, zarówno pod względem wartości badanej cechy, jak i wartości selektywnej  ;
• być kodominującym , aby odróżnić heterozygoty od homozygot  ;
• być prostą odziedziczoną cechą mendlowską ;
• nie być plejotropowe ani epistatyczne  ;
• być rozproszone wzdłuż genomu;
• nie być powiązany z innym znacznikiem;
• być stabilne, niezależnie od etapu rozwoju;
• nie mają żadnego wpływu na wzrost ani rozmnażanie płciowe;
• być łatwo zauważalne, bez możliwej dwuznaczności;
• być niedrogie;

Klasyfikacja markerów

Można je podzielić na trzy grupy w zależności od tego, czy ujawniają:

• codominance lub allel dominujący
• polimorfizm sekwencji lub jednostek powtarzalnych
• locus , obszaru lub całe regiony ( profil genetyczny , nasycony mapy genetyczne ).

Uwagi i odniesienia

1. Daniel Prat i in., Analiza genomu i zarządzanie leśnymi zasobami genetycznymi [ czytaj online ] , str. 73-74, wyd. Quae, 2006, 456 s. ( ISBN  2738012272 ) .
2. D. De Vienne i S. Santoni , „  Główne źródła markerów molekularnych  ”, Markery molekularne w genetyce ,1998, s.  49-79

Nie należy tego mylić

• Gen markerowy , służący jako kontrola transformacji genetycznej,
• Marker biologiczny , świadek zakłóceń ekologicznych,