Historia Idaho podczas wojny secesyjnej jest nietypowa.
Na początku wojny secesyjnej dzisiejsze Idaho było częścią Terytorium Waszyngtonu . Plik3 marca 1863, utworzono Terytorium Idaho , które składało się z dzisiejszego Idaho, Montany i całego południowo-zachodniego Wyoming . Chociaż położone z dala od stref konfliktu, terytorium to było domem dla sympatyków Konfederacji we wschodniej części, w dzisiejszej Montanie. Dlatego w 1863 roku Sidney Edgerton postanowił omówić sytuację z prezydentem Abrahamem Lincolnem ; był to jeden z powodów, które doprowadziły do oddzielenia Terytorium Montany od Terytorium Idaho. Separacja doprowadziła również do ponownego przyłączenia części ziem Terytorium Idaho (które odpowiadają dzisiejszemu Wyoming) do Terytorium Dakoty .
Żołnierze, którzy służyli w Idaho, nie walczyli z Konfederacją, ale strzegli ruchu wzdłuż Szlaku Oregon i chronili linie komunikacyjne między zachodnimi i wschodnimi Stanami Zjednoczonymi. Fort Boise , na miejscu przyszłej stolicy Idaho, został zbudowany w tym okresie z powodu ataków na podróżników na szlaku.
W dniu dzisiejszym miała miejsce masakra w Bear River29 stycznia 1863, w miejscu, które wydaje się być granicą między Terytorium Waszyngtonu a Terytorium Utah w pobliżu dzisiejszego Preston w hrabstwie Franklin (Idaho) . W tym dniu, 300 żołnierzy z 3 E California Ochotniczego Pułku Piechoty kierowanego przez płk Patrick Connor zdziesiątkowana obozowisko 250 członków plemienia Shoshone ; przeżyło tylko dwudziestu Indian. Była to odpowiedź na kilka ataków na białych osadników w zeszłym roku, których wina spadła na Shoshone . Incydent nie pojawił się zbyt często w nagłówkach prasowych Kalifornii i Utah, ponieważ większość gazet podawała wiadomości z pierwszej linii. Miejsce masakry na rzece Bear River jest obecnie narodowym zabytkiem historycznym .
Na tym terytorium byli zwolennicy Południa. Większość z nich pierwotnie wyjechała do Kalifornii, ale potem przyjechała do Idaho w poszukiwaniu złota.
Po wojnie Idaho przyciągnęło wielu weteranów Armii Unii, w tym kilku gubernatorów. Ostatnim weteranem wojny domowej, który zginął w Idaho, był Israel Broadsword w 1952 roku.