Terytorium Związku Komorów jest podzielone na 3 autonomiczne wyspy, a te na 54 gminy (ustawa nr 11-006 / AU z2 maja 2011, opublikowane w dniu 21 lipca 2011). Ze względów administracyjnych gminy są pogrupowane w 16 prefektur , rozmieszczonych w następujący sposób:
Autonomiczna wyspa Grande Comore (Ngazidja)