BRENDA
BRENDA to baza danych o enzymach . Jest ona utrzymywana i rozwijana przez Instytut Biochemii na Uniwersytecie w Kolonii . Dane dotyczące funkcji enzymatycznych pochodzą bezpośrednio z pierwotnej literatury. Kontrole formalne oraz kontrole spójności są przeprowadzane za pomocą programów komputerowych; ponadto każda z wprowadzonych danych jest sprawdzana „ręcznie”. Ostatnia wersja pochodzi zstyczeń 2010 i zawiera:
- Znaczne przyspieszenie szybkości aktualizacji
- Opracowanie nowej przeglądarki drzew EC
- Przeglądarka drzewa taksonomii
- Wyszukiwarka podstruktur chemicznych dla struktur ligandów
- Rozwój słownictwa kontrolowanego
- Ontologia niektórych pól informacyjnych
- Słowniczek nazw ligandów.
posługiwać się
Baza danych obejmuje 40 haseł, zawierających informacje o nomenklaturze, reakcjach, specyficzności, strukturze enzymu, metodzie jego izolacji lub przygotowania, odniesienia w literaturze naukowej oraz odsyłacze dotyczące sekwencji lub struktury 3D.
Baza danych jest dostępna bezpłatnie do zastosowań akademickich i non-profit, do celów komercyjnych wymagana jest licencja. Aby skorzystać z bazy, konieczna jest rejestracja drogą mailową. Bazę danych można przeszukiwać według nomenklatury WE , nazwy enzymu, organizmu lub zaawansowanego wyszukiwania łączącego te wpisy.
Inne bazy danych
Część tekstu w języku angielskim do przetłumaczenia na język francuski
Tekst w języku angielskim do przetłumaczenia:
BRENDA zawiera również linki do innych baz danych. W tym KEGG, które dostarcza informacji o szlaku, w którym uczestniczy enzym. Zawiera również linki do informacji o ontologii genów za pośrednictwem strony internetowej GO. Istnieją również linki do literatury za pośrednictwem PubMed. Inne bazy danych, do których link BRENDA zawiera:
- ExPASy
- Bazy danych NCBI (białka, nukleotydy, struktura, genom, OMIM, domeny
- Nazewnictwo enzymów IUBMB
- Baza danych PDB (informacje 3D)
- WŁASNOŚĆ
- SYSTERY
- Baza danych mutantów białek
- SCOP
- CATH
- InterPro
Bibliografia
- Springer Handbook of Enzymes, Schomburg, D., Schomburg, I. (2001) 2 d Ed. Springer, Heidelberg
- Dane enzymów i informacje metaboliczne: BRENDA, źródło badań w dziedzinie biologii, biochemii i medycyny Schomburg, I., Hofmann, O., Bänsch, C., Chang, A., Schomburg, D. Gene Funct. Mówić. (2000) 3-4, 109-18
- BRENDA, dane enzymatyczne i informacje metaboliczne. Schomburg, I., Chang, A., Schomburg, D. Nucleic Acids Res. (2002) 30, 47-9
- BRENDA: źródło danych o enzymach i informacji metabolicznej. Schomburg I., Chang A., Hofmann O., Ebeling C., Ehrentreich F., Schomburg D. Trends Biochem. Sci. 2002 styczeń; 27 (1): 54-6.
- Przegląd bazy danych BRENDA. Pharkya P., Nikolaev EV, Maranas CD Metab Eng. Kwiecień 2003; 5 (2): 71-3.
- BRENDA, baza enzymów: aktualizacje i główne nowe osiągnięcia. Schomburg I., Chang A., Ebeling C., Gremse M., Heldt C., Huhn G., Schomburg D. Nucleic Acids Res. 1 stycznia 2004; 32 Wydanie bazy danych: D431-3.