Archaea (klasyfikacja filogenetyczna)

Celem tej strony jest przedstawienie filogenetyczne drzewo archaea ( archebakteriach , Archébacteria, archaea), to znaczy powiedzieć kladogramu podkreślając relacje pokrewieństwa istniejących między ich różnych grup (lub taksonów), takie jak ostatnie rozpoznawanych Analizy zaoferować im. To tylko jedna możliwość, a główne debaty, które pozostają w społeczności naukowej, zostały pokrótce przedstawione poniżej, przed bibliografią.

Drzewo filogenetyczne

Przedstawiony tu kladogram ma być zgodny z najnowszymi opublikowanymi i dostępnymi analizami. Niekoniecznie jest to uzgodnione i zawsze można odwołać się do bibliografii wskazanej na dole artykułu.

Symbol ▲ odnosi się do bezpośrednio górnej części drzewa filogenetycznego istot żywych. Znak ► odnosi się do klasyfikacji filogenetycznej rozważanej grupy. Każdy węzeł drzewa mający więcej niż dwie gałęzie wykazuje nieokreśloność wewnętrznej filogenezy rozważanej grupy.

Typograficzne zwyczaje botaników i zoologów są różne. Tutaj, dla ułatwienia czytania, i dla niektórych obecnych grup należących do dwóch tradycyjnych domen, nazwy taksonów wyższych niż rodzaj są zapisywane prostymi znakami, a nazwy rodzajów lub gatunków kursywą.

Po taksonie okres jego pojawienia się, jeśli jest znany, można wskazać następującą legendą: ( Plé ): Plejstocen ; ( Pli ): pliocen ; ( Mio ): miocen ; ( Oli ): oligocen ; ( Eoc ): eocen ; ( Pal ): paleocen ; ( Cre ): kreda ; ( Jur ): jurajski ; ( Tri ): triasowy ; ( Per ): perm ; ( Samochód ): karbonowy ; ( Dev ): dewon ; ( Sil ): sylurski ; ( Ord ): ordowik ; ( Camb ): kambryjski ; ( Edi ): Ediacaran . Aby uzyskać większą dokładność, jeśli to możliwe, ( - ): niższe; ( ~ ): średni; ( + ): przełożony.

▲ └─o Archaebacteria ou Archaea ├─o Thaumarchaeota │ ├─o Cenarchaeales │ ├─o Nitrosopumilales │ └─? Nitrosocaldales └─o ├─o │ ├─o Korarchaeota │ └─o Crenarchaeota ou Eocyta │ ├─o Thermoproteales │ │ ├─o Thermoproteaceae │ │ └─o Thermofilaceae │ └─o │ ├─o Sulfolobales │ └─o │ ├─? Fervidicoccales │ ├─o Acidilobales │ │ ├─o Caldisphaeraceae │ │ └─o Acidilobaceae │ └─o Desulfurococcales ou Igneococcales │ ├─o Desulfurococcaceae │ └─o Pyrodictiaceae └─o Euryarchaeota ├─? groupes "ARMAN" ├─o Nanoarchaeota ├─? Nanohaloarchaea └─o ├─o Thermococcales └─o ├─o │ ├─o Methanopyrales │ └─o │ ├─o Methanobacteriales │ │ ├─o Methanobacteriaceae │ │ └─o Methanothermaceae │ └─o Methanococcales │ ├─o Methanococcaceae │ └─o Methanocaldococcaceae └─o ├─o Thermoplasmatales ou Picrophilales │ ├─o Thermoplasmataceae │ └─o │ ├─o Picrophilaceae │ └─o Ferroplasmataceae └─o ├─o Archaeoglobales └─o ├─o Halobacteriales └─o Methanomicrobia ├─o Methanosarcinales │ ├─o Methanosarcinaceae │ ├─o Methanosaetaceae │ └─o Methermicoccaceae ├─o Methanocellales └─o Methanomicrobiales ├─o Methanospirillaceae ├─o Methanocorpusculaceae └─o Methanomicrobiaceae

Debata naukowa na temat filogenezy archeonów

Jeśli dzisiaj, pomimo dużej odległości dzielącej dwa główne podziały archeologiczne, monofilia grupy wydaje się nabyta (przeciw zakorzenieniu eukariontów w eocytach), to kontrowersyjną kwestią jest pochodzenie bakterii metanogennych: charakter pojawił się późno tylko raz ( por. Gao i Gupta), lub nawet raz u podstawy Euryarchea (i zagubiony później w pewnych grupach) lub kilkakrotnie. Odkrycie nowych archeonów, które prawdopodobnie rozeszły się u podstawy drzewa, lub „Archean acidofilnych nanoorganizmów kopalni Richmond” (znanej jako ARMAN), pozwala nam lepiej dostrzec różnorodność grupy, oczekując jednocześnie satysfakcjonującego widoku na jego filogenezie.

Klasyfikacja według Cavaliera-Smitha

Klasyfikacja według Cavalier-Smith 2002 ─o division des Archaebacteria ├─o sous-division des Euryarchaeota │ ├─o super-classe des Neobacteria │ │ ├─o classe des Methanothermea (probablement paraphylétique) │ │ │ ├─o ordre des Methanobacteriales │ │ │ └─o │ │ │ ├─o ordre des Methanomicrobiales │ │ │ ├─o ordre des Methanococcales │ │ │ └─o ordre des Methanopyrales │ │ ├─o classe des Archaeoglobea │ │ │ └─o ordre des Archaeoglobales │ │ └─o classe des Halomebacteria │ │ ├─o ordre des Methanosarcinales │ │ └─o ordre des Halobacteriales │ └─o super-classe des Eurythermea (probablement paraphylétique) │ ├─o classe des Protoarchaea │ └─o classe des Picrophilea └─o sous-division des Crenarchaeota └─o classe des Crenarchaeota ├─o │ ├─o ordre des Thermoproteales │ ├─o ordre des Sulfolobales │ └─o ordre des Desulfurococcales ├─o ordre des Cenarchaeales └─? Korarchaeota

Klasyfikacja według Bergeya

Klasyfikacja według Bergeya 2004 ─o domaine des Archaea ├─o embranchement des Crenarchaeota │ └─o classe des Thermoprotei │ ├─o ordre des Thermoproteales │ │ ├─o famille des Thermoproteaceae │ │ └─o famille des Thermofilaceae │ ├─o ordre des Caldisphaerales │ │ └─o famille des Caldisphaeraceae │ ├─o ordre des Desulfurococcales │ │ ├─o famille des Desulfurococcaceae │ │ └─o famille des Pyrodictiaceae │ └─o ordre des Sulfolobales │ └─o famille des Sulfolobaceae └─o embranchement des Euryarchaeota ├─o classe des Methanobacteria │ └─o ordre des Methanobacteriales │ ├─o famille des Methanobacteriaceae │ └─o famille des Methanothermaceae ├─o classe des Methanococci │ └─o ordre des Methanococcales │ ├─o famille des Methanococcaceae │ └─o famille des Methanocaldococcaceae ├─o classe des Methanomicrobia │ ├─o ordre des Methanomicrobiales │ │ ├─o famille des Methanomicrobiaceae │ │ ├─o famille des Methanocorpusculaceae │ │ └─o famille des Methanospirillaceae │ └─o ordre des Methanosarcinales │ ├─o famille des Methanosarcinaceae │ └─o famille des Methanosaetaceae ├─o classe des Halobacteria │ └─o ordre des Halobacteriales │ └─o famille des Halobacteriaceae ├─o classe des Thermoplasmata │ └─o ordre des Thermoplasmatales │ ├─o famille des Thermoplasmataceae │ ├─o famille des Picrophilaceae │ └─o famille des Ferroplasmataceae ├─o classe des Thermococci │ └─o ordre des Thermococcales │ └─o famille des Thermococcaceae ├─o classe des Archaeoglobi │ └─o ordre des Archaeoglobales │ └─o famille des Archaeoglobaceae └─o classe des Methanopyri └─o ordre des Methanopyrales └─o famille des Methanopyraceae

Klasyfikacja według Gao i Gupty

Drzewo to zostało założone na podstawie obecności pewnych specyficznych białek w różnych grupach.

Klasyfikacja według Gao i Gupta 2007 └─o Archaea ├─o Crenarchaeota │ ├─o Thermoproteales │ └─o │ ├─o Sulfolobales │ └─o Desulfurococcales └─o Euryarchaeota ├─? Nanoarchaeota └─o ├─o Thermoplasmatales │ ├─o Thermoplasmataceae │ └─o │ ├─o Picrophilaceae │ └─o Ferroplasmataceae └─o ├─o Halobacteriales ├─o Thermococcales └─o ├─o Archaeoglobales └─o ├─o Methanosarcinales │ ├─o Methanosarcinaceae │ └─o Methanosaetaceae └─o ├─o Methanomicrobiales └─o ├─o Methanococcales └─o ├─o Methanopyrales └─o Methanobacteriales

Dowiedz się więcej

: dokument używany jako źródło tego artykułu.

Źródła bibliograficzne

Miklós Csűrös i István Miklós: „Streamlining and Large Ancestral Genomes in Archaea Inferred with a Phylogenetic Birth-and-Death Model” , Mol. Biol. Evol. , lot. 26, nr 9, 2009, ss. 2087-2095
Simonetta Gribaldo, Patrick Forterre i Céline Brochier-Armanet: „ Archaea: ewolucja i różnorodność trzeciej domeny żywych ”, Bull. Soc. Fr. Microbiol. , lot. 23, nr 3, 2008, s. 137–145
Beile Gao i Radhey S Gupta: „Analiza filogenomiczna białek, które są charakterystyczne dla Archaea i jego głównych podgrup oraz pochodzenie metanogenezy” , BMC Genomics , 8:86, 2007
George M. Garrity, Timothy G. Lilburn, James R. Cole, Scott H. Harrison, Jean Euzéby i Brian J. Tindall: The Taxonomic Outline of Bacteria and Archaea (TOBA). Wersja 7.7 , 2007, „Część 1 - The Archaea: Phyla Crenarchaeota and Euryarchaeota”, strony 6-31
Brett J. Baker, Gene W. Tyson, Richard I. Webb, Judith Flanagan, Philip Hugenholtz, Eric E. Allen i Jillian F. Banfield: „Lineages of Acidophilic Archaea Revealed by Community Genomic Analysis” , Science , vol. 314, s. 1933-1935, 2006
Simonetta Gribaldo i Céline Brochier-Armanet: „Pochodzenie i ewolucja Archaea: stan wiedzy” , Phil. Trans. R. Soc. B , tom. 361, s. 1007–1022, 2006
Céline Brochier, Patrick Forterre i Simonetta Gribaldo: „ Wyłaniający się filogenetyczny rdzeń Archaea: filogeny maszyn transkrypcyjnych i translacyjnych zbiegają się po dodaniu nowych sekwencji genomu” , BMC Evolutionary Biology , 2005, 5:36
George M. Garrity, Julia A. Bell i Timothy G. Lilburn: Taxonomic Outline of the Prokaryotes, Release 5.0 - Bergey's Manuel of Systematic Bacteriology, wydanie drugie , 2004, str. 1-399
Thomas Cavalier-Smith : „Neomurańskie pochodzenie archebakterii, negatywny korzeń drzewa uniwersalnego i megaklasyfikacja bakterii” , International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology , vol. 52, s. 7–76, 2002

Inne źródła bibliograficzne

Guillaume Lecointre i Hervé Le Guyader : Filogenetyczna klasyfikacja organizmów żywych , Belin , 2001-2006³ ( ISBN 2-7011-4273-3 )

Źródła internetowe

„ Archiwum filogenezy Mikko ”
Taksonomikona
„ Palaeos.org ” ( Archiwum • Wikiwix • Archive.is • Google • Co robić? )
„ Micro * scope ” ( Archiwum • Wikiwix • Archive.is • Google • Co robić? )
Przeglądarka taksonomii NCBI
Projekt sieciowy Drzewo życia