Ngomeni wrak jest utworzone przez szczątki 16 wieku portugalski statku handlowego. Odkryty przez rybaków w latach 80. XX wieku, ogłoszono go w 2006 roku w Muzeum Malindi. Leży na głębokości 5 m, trzy kilometry od wybrzeża Ngomeni na północ od Malindi w Kenii.
Wykopaliska prowadzono na terenie o wymiarach 20 x 40 m. Odkryli dużą i stosunkowo dobrze zachowaną łódź. Zawierał kość słoniową i rogi zwierzęce, zielone i czarne islamskie przedmioty ceramiczne, a także miedziane wlewki ze znakiem Fuggera . Ponadto archeolodzy znaleźli kule armatnie i kamienne kotwice, ołowiane płyty, żelazne gwoździe i liczne konkrecje. Pod koniec wykopalisk miejsce zostało ponownie zakryte, aby lepiej je chronić. Planowane jest przekształcenie go w podwodne muzeum w celu promowania rozwoju turystyki. Pobrane próbki są przechowywane w muzeum Fort Jesus .