Reakcja łańcuchowa polimerazy zagnieżdżone ( nested PCR), zwany również zagnieżdżonego PCR jest modyfikacją klasycznej reakcji PCR w celu zmniejszenia ilości produktów niespecyficznych wynikające z wiązania starterów do nieoczekiwanych miejscach..
Sama reakcja łańcuchowa polimerazy jest procesem, który wzmacnia sekwencje DNA dzięki zastosowaniu termoregulowanej polimerazy DNA . Produkt może być używany do sekwencjonowania lub analizy, a proces ten jest podstawą wielu badań i zastosowań laboratoryjnych genetyki, takich jak kryminalistyka lub pobieranie odcisków palców DNA. Konwencjonalna PCR wymaga starterów komplementarnych z końcami docelowego DNA. Wiązanie starterów z nieprawidłowymi miejscami jest powtarzającym się problemem powodującym amplifikację nieoczekiwanych sekwencji.
Zatem zagnieżdżona PCR umożliwia, poprzez zaangażowanie dwóch par starterów stosowanych kolejno, na ograniczenie tego zjawiska, przy czym druga para starterów ma amplifikować sekwencję znajdującą się w produkcie pierwszej reakcji PCR.