W geologii permineralizacja następuje po pochówku, kiedy puste przestrzenie wewnątrz organizmu (wypełnione cieczą lub gazem , gdy jest żywy) wypełniają się bogatymi w minerały wodami gruntowymi i te minerały wytrącają się, wypełniając puste przestrzenie. Proces ten może występować tylko w bardzo małej przestrzeni, zwłaszcza w ścianie komórki z komórki roślinnej . Permineralizacja na małą skalę może prowadzić do powstania skamieniałości o bardzo dużej ilości szczegółów. Aby doszło do permineralizacji, organizm musi zostać pokryty osadami wkrótce po śmierci lub wkrótce po rozpoczęciu procesu rozkładu. Tempo, w jakim szczątki rozpadają się po pokryciu, determinuje przyszłe szczegóły skamieniałości. Tak więc, podczas gdy niektóre skamieniałości zawierają tylko kości lub zęby, inne zawierają skamieniałe ślady skóry , piór, a nawet tkanki miękkiej.