Flag of Zanzibar zmieniło się wiele razy w zależności od kolejnych rządów.
Sułtanat Zanzibaru
6 kwietnia 1861 - 1890
Protektorat Zanzibaru
1890 -10 grudnia 1963
Sułtanat Zanzibaru
10 grudnia 1963 - 12 stycznia 1964
Republika Ludowa Zanzibaru
Styczeń 1964
Republika Ludowa Zanzibaru
12 stycznia 1964 - 26 kwietnia 1964
Rewolucyjny rząd Zanzibaru
26 kwietnia 1964 - W trakcie
Pemba wykorzystał swoją własną flagę18 stycznia 1964pod koniec miesiąca w okresie istnienia Ludowej Republiki Pemba .