Mikroflory jelitowej , zwany także flora jelitowa jest kolekcja mikroorganizmów ( archeowce , bakterii , eukariotów ), znajdujących się w przewodzie pokarmowym zwierząt. Obejmuje to zatem bakterie w jelicie i bakterie w żołądku . Flora jelitowa jest dobrym przykładem mutualizmu : współpracy między różnymi rodzajami organizmów, z korzyścią dla każdego.
Postępy w sekwencjonowaniu umożliwiły identyfikację dominujących gatunków mikrobioty jelitowej człowieka, scharakteryzowanie odpowiadającego im ekosystemu i pomoc w diagnozowaniu niektórych patologii.
W przeżuwacze są gospodarzem bardzo dużą ilość gatunków symbiotycznych. Zdolność do trawienia celulozy wynika z archeonów .