W metagenomiczne i środowiska genomika jest sposób badający zawartości genetyczne próbek ze złożonych środowiskach (np jelita, morskie, ziemia, powietrze, itd.), Pobranego z naturalnym (w przeciwieństwie do próbek hodowanych w laboratorium).
Podejście to przez bezpośrednie sekwencjonowanie części DNA w próbce pozwala genomowego opis zawartości próbki, ale również przegląd potencjału czynnościowego środowisku.
Użycie przedrostka „ meta ” odnosi się do „ tego, co nastąpi po ”; tutaj metagenomika następuje po genomice poprzez badanie organizmów bezpośrednio w ich środowisku bez przechodzenia przez etap hodowli laboratoryjnej.
Rozmiary próbek metagenomicznych są znacznie większe niż próbek wyhodowanych w laboratorium. Aby je zbadać, biolodzy używają technologii sekwencjonowania o dużej przepustowości . Uzyskane sekwencje DNA są następnie analizowane technikami bioinformatycznymi w celu opisania strukturalnego i funkcjonalnego składu próbki środowiskowej.
Wzrost ilości wytwarzanych w ten sposób danych (głównie od końca XXI wieku) wpisuje się w rozwój „ dużych zbiorów danych ”, które umożliwiają zarządzanie i przetwarzanie dużych ilości danych.
Przesiewania metagenomiczne uzupełniający metagenomiczne podejście bezpośrednie sekwencjonowanie, wyrażenie metagenomiczne fragmenty DNA (to znaczy otrzymany z ekstrakcji całkowitego DNA z próbki na środowisko) w wektorze gospodarza (zwykle klonów biblioteki gatunku bakterii Escherichia coli ). Celem tego podejścia jest odkrycie nowych enzymów lub nowych cząsteczek wydzielanych w środowisku (skąd pochodzi próbka).
W szczególności metagenomika umożliwiła wykazanie bardzo dużej różnorodności genetycznej wirusów oraz wyjątkowości ich sekwencji genetycznych. Na przykład kilogram osadów morskich zebranych z wybrzeża Kalifornii może zawierać nawet milion genotypów wirusów.