Drobnoustrojów ekologii adres miejsca i rola drobnoustrojów w środowisku, siedliska ( ekosystemu ) i oddziaływanie mikroorganizmów ze sobą, a ich otoczeniem. Mikroorganizmy, które są bardzo liczne, wszechobecne (obecne na całym świecie), bardzo zróżnicowane, bardzo adaptacyjne, mają pierwszorzędne znaczenie w wielu dziedzinach.
Ekologia drobnoustrojów polega na scharakteryzowaniu bioróżnorodności drobnoustrojów w ekosystemie, scharakteryzowaniu interakcji między mikroorganizmami (łańcuchami troficznymi), określeniu roli mikroorganizmów w ekosystemie, badaniu interakcji żywiciel-mikroorganizm ( symbioza , komensalizm , pasożytnictwo , patogen itp.). Dlatego ekologia drobnoustrojów obejmuje wiele różnych dziedzin.
Strategie ekologiczne mikroorganizmów opisano zgodnie z gradientem między strategiami kopiotroficznymi i oligotroficznymi. W copiotrophic i Oligotroficzne strategie są zbudowane analogicznie do R i strategii K . Kopiotrofy, analogicznie do gatunków r-Strategy, definiuje się jako organizmy konsumujące labilną materię organiczną, mające duże potrzeby żywieniowe, wykazujące wysokie tempo wzrostu, gdy zasoby są obfite. Mają zdolność bardzo szybkiego wzrostu w przypadku wzrostu dostępności zasobów, ale także charakteryzują się wysoką śmiertelnością w przypadku ich wyczerpania. Uważa się, że dominują w środowiskach o dużej zawartości materii organicznej.
Oligotrofy, analogicznie do gatunków ze strategii K, definiuje się jako posiadające niskie tempo wzrostu, większe specyficzne powinowactwo do swoich substratów (a zatem większą zdolność do wykorzystywania zasobów, które są trudno dostępne lub niezbyt labilne) i wysoką tolerancję na stres . Uważa się, że dominują w społeczności drobnoustrojów, gdy zasoby są ograniczone.
Uważa się, że wśród innych cech fizjologicznych kopiotrofy mają niski stosunek C: N i C: P, wysoką liczbę kopii rybosomalnego DNA , niską wydajność wzrostu , wysokie koszty utrzymania maszynerii komórkowej i produkcję głównie konstytutywnych (i nieindukowalnych) enzymów . Uważa się, że oligotrofy mają przeciwne cechy.