W retrotranspozony należą do wielkiej rodziny Transpozon (RNA elementy pośrednie klasa I). Odpowiadają one endogennym sekwencjom DNA zdolnym do poruszania się, a przede wszystkim do namnażania się w genomie gospodarza, dając początek rozproszonym sekwencjom powtarzalnym . Różnią się one od transpozonów (klasa II elementów transpozycyjnych) przez ich pośrednik RNA (a nie DNA). Przedrostek pochodzi z faktu, że retrotranspozony idą „odwrotnością” centralnego dogmatu DNA, ponieważ ich RNA jest „retro” – transkrybowane do DNA. Niektóre z nich, retrotranspozony LTR ( long terminal repeat sequence ) są spokrewnione z retrowirusami , ale nie są zakaźne.
Klasa retrotranspozonów jest bardzo ważna pod względem ilościowym i jakościowym. W oparciu o obie różnice strukturalne oraz obecność lub brak długich końcowych regionów powtarzanych ( LTR ), rozróżniamy dwie klasy retrotranspozonów: retrotranspozony z LTR lub bez LTR. Te dwie klasy elementów różnią się również mechanizmem integracji.
Elementy te przypominają retrowirusy pod względem cyklu replikacji i struktury. Podobnie jak te ostatnie, aktywne retrotranspozony LTR głównie i generalnie kodują dwa białka typu gag i pol . Jednak retrotranspozony mają tylko cykl wewnątrzkomórkowy, to znaczy nie mogą infekować sąsiedniej komórki, tak jak robią to retrowirusy. Jednakże, wirusowa jak cząstki gypsy elementu z Drosophila melonogaster oczyszczone w gradiencie sacharozy, są zdolne do zakażania komórek umieszcza się w kontakcie z nimi. Ta zdolność zakaźnego jest przez obecność 3 e głównego białka, kodowanie obwiedni. Ta otoczka jest teoretycznie obecna w niektórych retrotranspozonach LTR, zbliżonych do cygańskich . Ponadto retrotranspozony znajdują się we wszystkich organizmach eukariotycznych (wszystkie organizmy złożone z komórek jądra, w przeciwieństwie do prokariotów), podczas gdy retrowirusy występują obecnie tylko u zwierząt (niewielka część eukariontów).
Same retrotranspozony LTR są ogólnie podzielone na cztery grupy: Ty1 / copia , Ty3 /gypsy, DIRS i BEL. Czasami dodajemy LARD i TRIM w roślinach, gdzie DIRS i BEL są nieobecne. W ramach tych grup istnieje duże zróżnicowanie:
Elementy należące do tej klasy również posiadają i wykorzystują odwrotną transkryptazę . Ich cykl replikacji różni się od retrotranspozonów . Synteza CDNA nie zachodzi w cytoplazmie komórki, ale bezpośrednio w miejscu wstawienia nowej kopii: nić DNA z miejsca docelowego zostałaby odcięta przez endonukleazę elementu, do którego przyłączone jest MRNA, umożliwiając odwrotną transkrypcję nici. Następnie mRNA jest usuwany, pozostawiając miejsce na syntezę drugiej nici DNA. Mechanizm ten nazywa się odwrotną transkryptazą z pierwotną celą (ang. Target-Primed Reverse Transcriptase lub TPRT). Retrotranspozony bez LTR dzielą się na pięć grup: R2, L1, RTE, I i Jockey. Ich filogeneza jest złożona, ponieważ ta klasa obejmuje dużą liczbę pierwiastków.