Do mechanika molekularna odpowiada wykorzystaniu mechaniki newtonowskiej do modelowania z układów molekularnych . Podejścia z mechaniki molekularnej są często stosowane do doskonalenia struktur molekularnych, symulacji dynamiki molekularnej i symulacji metodą Monte-Carlo .
Zazwyczaj modele mechaniki molekularnej składają się z kulistych atomów połączonych sprężynami, które reprezentują wiązania . Siły wewnętrzne brane pod uwagę w modelowanej konstrukcji opisywane są za pomocą prostych funkcji matematycznych . Na prawo Hooke'a jest powszechnie stosowany do opisu oddziaływań wiążących. Atomy mogą być traktowane jako twarde nieelastyczne sfery lub mogą oddziaływać w zależności od potencjału Lennarda-Jonesa .
Ta lista nie jest wyczerpująca: