Analiza trzyelementowa



Informacje, które udało nam się zgromadzić na temat Analiza trzyelementowa, zostały starannie sprawdzone i uporządkowane, aby były jak najbardziej przydatne. Prawdopodobnie trafiłeś tutaj, aby dowiedzieć się więcej na temat Analiza trzyelementowa. W Internecie łatwo zgubić się w gąszczu stron, które mówią o Analiza trzyelementowa, a jednocześnie nie podają tego, co chcemy wiedzieć o Analiza trzyelementowa. Mamy nadzieję, że dasz nam znać w komentarzach, czy podoba Ci się to, co przeczytałeś o Analiza trzyelementowa poniżej. Jeśli informacje o Analiza trzyelementowa, które podajemy, nie są tym, czego szukałeś, daj nam znać, abyśmy mogli codziennie ulepszać tę stronę.

.

Analiza trzech takson lub analiza trzech taksonów jest metod filogenetycznej rekonstrukcji w oparciu o teori kladystycznym . Zosta on wprowadzony przez systematyków GJ Nelsona i NI Platnicka w 1991 roku. Analiza trójpozycyjna jest równie nazywana 3ia (dla analizy trzech elementów) lub TTS (dla stwierdze trzech taksonów). Metoda ta dotyczy organizmów, a take obszarów biogeograficznych w kladystycznych ramach biogeografii historycznej .

Wprowadzenie

W ramach teorii kladystycznej w wielu programach filogenezy zaimplementowano obecnie dwie metody: analiz trójelementow (3ia) i oszczdno . Metoda 3ia róni si od metody oszczdnej reprezentacj postaci, sposobem, w jaki przebiega analiza oraz interpretacj uzyskanego wyniku.

Reprezentacja postaci i hipotezy homologii

Ukorzenione drzewo lub hierarchia

W obecnej pracy hipotezy homologii, które 3ia pozwala na przedstawienie, odnosz si do fenotypu , takiego jak midzy innymi morfologia, anatomia czy zachowanie organizmów. Hipotezy te polegaj na zhierarchizowaniu struktur morfo-anatomicznych wedug ich stanów istnienia, tak aby tylko te uznane za homologiczne stanowiy klasy hierarchii. Zatem dwa taksony, którym przypisano ten sam stan homologiczny, nale do tej samej klasy hierarchii i same s równie uwaane za homologiczne. Jeli ta hipoteza zostanie utrzymana na drzewie filogenetycznym, uwaa si, e s one bliej siebie ni jakikolwiek inny takson spoza tej klasy. Na przykad w przypadku bada na krgowcach nogi (lub czonkowie chiridian) mona uzna za homologiczne, tworzc w ten sposób klas czonków chiridian. Dlatego stawiamy hipotez, e taksony wykazujce takich czonków s bliej siebie ni taksony wykazujce innych, nawet czonków. Dobrowolne drzewa filogenetyczne uczy nas, e Coelacanth (Actinistian), przez jego poszczególnych petw, jest bliej czworonogów ze swoich czonków nawet ni na rekina (chondrichthyen). Rzeczywicie, cech wyrostka robaczkowego (koczyny lub petwy) sarkopterygów (w tym czworonogów, dipneustów i aktynistów, wród obecnych taksonów) jest jednopoziomowa, to znaczy podtrzymuje j tylko jedna ko: ko ramienna (w wyrostek przedni) lub ko udow (w wyrostku tylnym). Zatem pojcie fin nie jest ju interpretowane jako zdolne do tworzenia klasy w hierarchii hipotez homologii: mówi si o tym pojciu, e jest parafiletyczne .

Na poprzednim diagramie wczenie stanu czonkowie jednopoziomowe do klasy zwanej czonkami parzystymi wskazuje, e stan ten ma mie charakter informacyjny, a zatem ma znaczenie dla grupowania taksonów. Sprowadza si to do stwierdzenia, e pastwo czonkowie monobasal jest uwaane za apomorficzne wród czonków parzystych. Twierdzenie to musi da si uzasadni kryterium (-ami), w tym kryterium poza grup, przy uyciu jednego lub wicej taksonów z grupy zewntrznej . Zatem uycie taksonów z grupy zewntrznej podczas analizy (w celu zakorzenienia a posteriori) jest niepotrzebne, poniewa zakorzenienie hipotez odbywa si przed analiz. Test hipotezy jest wykonywany poprzez analiz rekonstrukcji drzewa filogenetycznego. Skutkuje to odrzuceniem lub odrzuceniem owiadcze zaproponowanych jako istotne. Jeli pastwo zostanie odrzucone, jest interpretowane jako homoplazja. Wrcz przeciwnie, jeli pozostaje na drzewie filogenetycznym, jest interpretowane jako synapomorfia. Stany uznane za istotne i zachowane jako synapomorfie pozwalaj na scharakteryzowanie taksonów. Nastpnie zauwaamy równowano midzy taksonami i stanami znaków (patrz diagram): tutaj klasa czonkowie parzysty odpowiada taksonowi Gnathostomes , czonkowie jednopodstawne taksonowi sarkopterygii, a czonkom chiridian taksonowi czworonoga.

Brakujce dane i dane nie dotycz

Analiza trójelementowa (3ia) nie wykorzystuje reprezentacji znaków jako macierzy taksonów, jak w metodzie parsymonii; 3ia przedstawia postacie jako zakorzenione drzewa. O ile konieczne jest wypenienie wszystkich pól macierzy, w tym take dla taksonów niewymienionych (musimy wtedy wstawi odpowiedni znak, np. Znak zapytania), to zakorzenione drzewo pozwala wrcz przeciwnie na nieuwzgldnianie takich taksonów w postacie. W rzeczywistoci takson nie poinformowany o charakterze moe by taki z dwóch powodów: albo z powodu wtpliwoci co do stanu, który naley mu przypisa, albo z powodu nieistotnoci kadego ze stanów (w przypadku, gdy takson nie nie przedstawiaj na przykad omawianej struktury morfo-anatomicznej). Uwzgldnienie tych dwóch przypadków w 3ia jest inne, co pozwala na wyrane rozrónienie midzy pierwszym, dla którego wszystkie stany s moliwe, a drugim, w którym aden z nich nie jest podany.

Drzewo po prawej stronie jest przykadem reprezentacji relacji homologii dla 6 taksonów:

Takson A: wykazujcy stan brak anten.

taksony B i C: przedstawiajce stan zakrzywione anteny.

taksony D i F: przedstawiajce pastwowe "czuki maczugowate".

Takson E: gowa niezachowana, a zatem brakujca

W przypadku taksonu A aden ze stanów maczugowata antena lub zakrzywiona antena nie ma zastosowania, poniewa ten takson nie ma anten. W przypadku taksonu E moemy wyobrazi sobie okaz kolekcjonerski, którego gowa zostaa utracona lub skamieniao, której gowa nie zostaa zachowana. Zastpujc te taksony w jednej z klas hierarchii odpowiadajcej hipotezie homologii, takson A nie moe zosta zaliczony do klasy obecnoci anten. Konieczne jest równie zgoszenie informacji, zgodnie z którymi nie moe nalee do adnego z proponowanych pastw: w tym celu naley go przypisa do klasy bardziej ogólnej ni wszystkie inne, to znaczy nie informowa o zgrupowaniu taksonów przypisanych do tego. Z drugiej strony, w przypadku taksonu E, informacje o jego stanie nie s w naszym posiadaniu. Dlatego wskazane jest, aby nie przypisywa tego taksonu do adnej z klas. Pozostaje nieobecny w charakterze.

Analiza

Kiedy analiza filogenetyczna jest przeprowadzana zgodnie z metod 3ia, wszystkie znaki s rozkadane na minimalne twierdzenia z trzema taksonami (3is w jzyku angielskim, dla stwierdzenia skadajcego si z trzech pozycji). Takie stwierdzenie wskazuje, e dwa taksony s bliej siebie ni jednej trzeciej. Poniewa zawsze mona powiedzie, e dwa taksony s spokrewnione, 3is nie moe odnosi si do mniej ni trzech taksonów, std jego nazwa.


Rekonstrukcja drzewa filogenetycznego szuka najwikszego zestawu zgodnych 3is. Te 3 s nastpnie czone, aby zrekonstruowa optymalne drzewo, przy czym kryterium optymalnoci jest tutaj maksymalna zgodno.

Niech taksony bd A, B, C i D. Niech nastpujce 3 bdzie: (A (B, C)) (B (C, D)) (A (D, C)) (C (B, D)) . 3is (B (C, D)) i (C (B, D)) s ze sob niezgodne, poniewa nie wskazuj na ten sam zwizek midzy tymi samymi trzema taksonami B, C i D. Jednake pozostaj one zgodne z innymi 3 jest z listy.

- 1 st  zestawu zgodnych 3Czy (A (B, C)) (B (C, D)) i ((B + C)). Pierwsza i ostatnia mówi nam, e taksony B, C i D s bliej siebie ni A.Moliwe jest ich poczenie w celu podania tej informacji w jednej inkluzji: (A (B, C, D)) . Jednak druga trójka na licie mówi nam, e wród B, C i D taksony C i D s bliej siebie ni B.Wystarczy przenie t informacj do poprzedniego wczenia: (A (B (C, RE))).

- 2 ND zestawu zgodnych 3Czy: (A (B, C)) (A (A, C)) i (C (B, D)). Pierwsze dwa wskazuj, e taksony B, C i D s bliej siebie ni A. Ich poczenie daje w ten sposób (A (B, C, D)). Trzecia trójka wykazu okrela, e sporód B, C i D taksony B i D s bliej siebie ni C. Uwzgldniajc te informacje, otrzymujemy: (A (C (B, D)).

Ten przykad daje w wyniku dwa zestawy 3 s tak due jak kady inny. Dwa drzewa otrzymane po poczeniu tych dwóch zestawów 3is s zatem równie optymalne.

Nastpnie 3ia wyszukuje, które wród drzew równooptymalnych s relacjami, których nigdy nie zaprzeczay. Tutaj jest to (A (C, B, D)), które jest nastpnie proponowane w wyniku analizy filogenetycznej.

Opracowano kilka programów komputerowych w celu poczenia list 3is. Jednak jedynym, który pozwala na rekonstrukcj filogenetyczn z trójki uzyskanej poprzez dekompozycj postaci reprezentowanych w postaci ukorzenionych drzew, jest oprogramowanie LisBeth opracowane przez zespó z Narodowego Muzeum Historii Naturalnej w Paryu. Jest to take jedyne oprogramowanie 3ia, które wci jest w fazie rozwoju.

Zobacz te

Inne referencje

  1. R. Zaragüeta-Bagils & E. Bourdon, Analiza trzech pozycji: Hierarchiczna reprezentacja i traktowanie brakujcych i niemoliwych do zastosowania danych, Comptes Rendus Palevol, tom 6, wydania 6-7, listopad 2007, strony 527-534
  2. R. Zaragüeta-Bagils, V. Ung, A. Grand, R. Vignes-Lebbe, N. Cao i J. Ducasse, LisBeth: new cladistics for phylogenetics and biogeography, Comptes Rendus Palevol, Tom 11, Issues 8, 2012, Strony 563-566

Bibliografia

  • IJ Kitching, PL Forey, CJ Humphries i DM Williams, "Kladystyka. Wydanie drugie. Teoria i praktyka analizy oszczdnoci", publikacje naukowe Oxford, 1998.
  • GJ Nelson i NI Platnick, Stwierdzenia trzech taksonów: bardziej precyzyjne uycie parsymonii Cladistics , 7, 35166

Mamy nadzieję, że informacje, które zgromadziliśmy na temat Analiza trzyelementowa, były dla Ciebie przydatne. Jeśli tak, nie zapomnij polecić nas swoim przyjaciołom i rodzinie oraz pamiętaj, że zawsze możesz się z nami skontaktować, jeśli będziesz nas potrzebować. Jeśli mimo naszych starań uznasz, że informacje podane na temat _title nie są całkowicie poprawne lub że powinniśmy coś dodać lub poprawić, będziemy wdzięczni za poinformowanie nas o tym. Dostarczanie najlepszych i najbardziej wyczerpujących informacji na temat Analiza trzyelementowa i każdego innego tematu jest istotą tej strony internetowej; kierujemy się tym samym duchem, który inspirował twórców Encyclopedia Project, i z tego powodu mamy nadzieję, że to, co znalazłeś o Analiza trzyelementowa na tej stronie pomogło Ci poszerzyć swoją wiedzę.

Opiniones de nuestros usuarios

Mirka Matusiak

Dzięki za ten post na Analiza trzyelementowa, właśnie tego potrzebowałem

Wlodzimierz Jaworski

Czasami, gdy szukasz informacji w Internecie o czymś, znajdujesz zbyt długie artykuły, które nalegają na mówienie o rzeczach, które Cię nie interesują. Podobał mi się ten artykuł o zmiennej, ponieważ idzie do rzeczy i mówi dokładnie o tym, czego chcę, bez gubienie się w informacjach Bezużyteczne.